Laboratorio de Servicios Genómicos

La secuenciación de ADN por tecnología capilar se realiza utilizando el método del dideoxi-terminal, desarrollado por Frederick Sanger en 1977, este método se basa en la capacidad de la DNA polimerasa para generar cadenas de diferentes tamaños de ADN complementario a una cadena patrón, esto debido a que en la mezcla de reacción son incluidos los 4 dideoxinucleotidos marcados con fluorescencia diferencial, que al ser incorporados a la cadena en crecimiento detienen la polimerización.

LabSerGen, ofrece a todo el sector académico, industrial y publico el servicio de secuenciación de ADN usando secuenciación capilar. La secuenciación por Sanger permite procesar desde una muestra en formato individual hasta 96-384 muestras en formato de placa y obtener secuencias con una longitud de hasta 800 pb.

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Aplicaciones

• Detección de SNPs (single nucleotide polymorfisms)
• Secuenciación de productos de PCR
• Secuenciación de plásmidos y cósmidos
• Diagnóstico de enfermedades
• Identificación de especies
• Corrida de microsatélites
• Cuadro de texto

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Plataformas

• Applied Biosystems 3730XL
• SeqStudio Genetic Analyzer

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Descripción del Servicio

• Análisis de calidad de las muestras de ADN
• Preparación de la muestra.
• Secuenciación
• Análisis de calidad de la secuencia
• Purificación de productos de PCR o limpieza de la muestra (A partir de 5 muestras). Copiar a Flor Zamudio para más informes flor.zamudio@cinvestav.mx
• Edición de la secuencia (Si es solicitada y solo aplica para secuenciación individual).

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 Entrega de resultados

Visualización, edición y valoración de la calidad de los resultados, que serán enviados vía correo electrónico

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Requerimientos de la Muestra

• El ADN debe estar libre de ARN, fenol, sales, etanol, EDTA, proteínas y detergentes. El ADN puede estar liofilizado o resuspendido en agua a una concentración mínima de 100 ng/µl. El volumen total no deberá ser menor a 6 µl
• En el caso de secuenciación directa de productos de PCR, éstos deben estar libres de subproductos, primers excedentes, dNTPs y sales. Es muy importante asegurar que la banda generada por sus primers sea única.
• Indicar en el formato de solicitud de secuenciación el tipo de vector, tamaño del inserto y concentración de la muestra. El nombre (muestra y primer) debe ser menor a 8 caracteres y que coincida con el etiquetado del tubo o placa.
• Las muestras que se reciban a una concentración menor a la mínima solicitada no podrán ser procesadas.

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Requerimientos de los oligonucleótidos

Los oligonucleótidos deben estar resuspendidos en agua. Es recomendable enviar directamente del Stock (100µM) un volumen de al menos 5µL por cada muestra que se quiera secuenciar o 10 µl a una concentración de 10 µM.

El servicio dispone de los iniciadores universales para vectores tales como M13FW, M13Rev, T3, T7 y SP6, los cuales ya están incluidos en el costo del servicio.

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Envío de Muestras

Las muestras individuales pueden enviarse en cualquier tubo (1.5 ml, 0.5 ml, o 0.2 ml), etiquetadas (el ID debe ser el mismo que el del formato de solicitud de servicio), y selladas. En caso de formato en placa puede ser en cualquier tipo de placa, sellada con un tapete impermeable para evitar contaminación cruzada.

Las muestras (tubos o placas), junto con el formato de solicitud de servicio se enviarán por correo ordinario o mensajería exprés o se entregarán directamente en las instalaciones de LabSerGen. Es importante que se notifique al personal de LabserGen del envío de las muestras, ya que no se procesarán inmediatamente, muestras que no tengan registro.

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Contacto

• Tec. Clara Gutiérrez López

clara.gutierrez@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3022, 3023, 3121

• Tec. Laura Cecilia Gutiérrez López

cecilia.gutierrez@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3022, 3023, 3121

La secuenciación por síntesis SBS, es una más de las tecnologías de secuenciación masiva de nueva generación que utilizan la amplificación clonal in vitro. Los fragmentos a secuenciar se preparan con adaptadores en los extremos, para permitir que sus cadenas desnaturalizadas se unan a una superficie sólida y así poder enriquecerse mediante una amplificación tipo puente, generando clúster de cadenas del mismo fragmento, para amplificar la señal generada por los nucleótidos fluorescentes incorporados a la cadena en crecimiento y así puedan detectarse una cámara, durante un proceso cíclico que permite alargar las lecturas dependiendo de la plataforma seleccionada.

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Aplicaciones

• Secuenciación de genomas
• Análisis de perfiles de expresión génica/Transcriptómica (RNA-Seq)
• Expresión y predicción de RNAs no codificantes (micro RNA´s, small RNA, lncRNAs))
• Epigenética (ChIP-Seq, regiones metiladas)
• Metagenómica (Shot-gun, 16S, ITS, COI)
• Secuenciación de Amplicones
• Secuenciación de zonas enriquecidas para detección de enfermedades
• Secuenciación de Exomas
• Genotipificación por secuenciación (GBS)

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Plataformas

• NextSeq 5500
• MiSeq2000
• NovaSeq 6000

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Descripción del Servicio

• Preparación de las bibliotecas a partir de DNA, Amplicones (y/o productos de PCR), o bien RNA (o sus variantes).
• Amplificación clonal para la generación de clúster.
• Corrida de secuenciación.
• Entrega de resultados de las lecturas y sus calidades generados en archivos FASTQ y FastQC.

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Requisitos de la Muestra

a) DNA genómico y/o amplicones

• DNA genómico: se requieren 2 µg diluido en agua o liofilizado, integro y limpio, a una concentración no menor de 200ng/μl.
• Productos de PCR (Amplicones): se requieren 500 ng de la muestra, a una concentración no menor de 50ng/μl. Si el usuario lo requiere se ofrece el servicio de generación de amplicones.

Importante: El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 y DO 260/230 >= 1.8 y una fotografía de un gel de agarosa donde se muestre la integridad de la muestra del DNA.

b) RNA Total

• Transcriptómica total: Se requieren 4 μg de RNA total, integro y limpio.
• micro RNA´s y RNA´s pequeños: se requiere 3 μg total.

Transcriptómica de procariotas: es necesario que el usuario envíe el RNA mensajero o cDNA de los mensajeros. En su defecto deberá solicitar una cotización específica para este tipo de muestras.

Importante: El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 y DO 260/230 >= 1.8 y una fotografía de un gel de agarosa donde se muestre la integridad de la muestra del RNA. Es necesario que el Valor Integral (RIN) sea mayor o igual a 8.

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Entrega de Resultados

Toda la información será enviada al cliente a través de nuestro sitio de entrega de resultados, con una clave de usuario y contraseña

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Contacto

• Tec. María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera

guadalupe.mireles@cinvestav.mx

Tel. (462) 166 3024

• Tec. Rocío Razo Beltrán

rocio.razo@cinvestav.mx

Tel. (462) 166 3127

La secuenciación de nanoesferas de ADN es una tecnología de secuenciación de alto rendimiento que se utiliza para determinar la secuencia genómica de un organismo. El método utiliza la replicación en círculo rodante para amplificar pequeños fragmentos de ADN genómico en nanoesferas de ADN. Los nucleótidos fluorescentes se unen a nucleótidos complementarios y luego se polimerizan para anclar secuencias unidas a secuencias conocidas en la plantilla de ADN. El orden de las bases se determina a través de la fluorescencia de los nucleótidos unidos. Este método de secuenciación de ADN permite secuenciar un gran número de nanoesferas de ADN por ejecución, abatiendo costos.

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Ventajas

La tecnología de secuenciación de nanoesferas de ADN ofrece algunas ventajas sobre otras plataformas de secuenciación, como la erradicación de los duplicados ópticos ya que las nanoesferas de ADN permanecen en su lugar en la matriz modelada y no interfieren con las nanoesferas vecinas. Otra ventaja es el uso de ADN polimerasa Phi 29 de alta fidelidad para garantizar una amplificación precisa de la plantilla circular, minimizando errores durante la lectura.

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Aplicaciones

• Secuenciación de genomas
• Análisis de perfiles de expresión génica/Transcriptómica.
• Transcriptómica de cadena específica
• Secuenciación de RNA´s pequeños
• Metagenómica (Shot-gun, 16S, ITS, COI)
• Transcriptómica de una sola célula (Single Cell)
• Secuenciación de Exomas

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Plataforma

• MGI Seq-G400

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Descripción del Servicio

• Preparación de las bibliotecas a partir de DNA o RNA (o sus variantes).
• Amplificación por medio de circulo rodante
• Corrida de secuenciación.
• Entrega de resultados de las lecturas y sus calidades generados en archivos FASTQ y FastQC.

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Requisitos de la Muestra

a) DNA genómico

• Se requieren 3 µg de material genético, integro y limpio, resuspendido en agua a una concentración > 200 ng/µl y congelada.
• El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 y DO 260/230 >= 1.8, una fotografía ó gráfica que muestre la calidad e integridad de la muestra, así como la foto de un gel de agarosa.

b) RNA Total

• Se requieren 3 µg de material genético, integro y limpio. El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 y DO 260/230 >= 1.8 y una fotografía de un gel de agarosa donde se muestra la integridad de la muestra. Es necesario que el Valor Integral (RIN) sea mayor o igual a 8.

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Contacto

• Tec. María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera

guadalupe.mireles@cinvestav.mx

Tel. (462) 166 3024

• Tec. Rocío Razo Beltrán

rocio.razo@cinvestav.mx

Tel. (462) 166 3127

La Tecnología Single Molecule Real Time Sequencing (SMRT-Seq) o Secuenciación de Moléculas Individuales en Tiempo Real, se clasifica dentro de las tecnologías de secuenciación de tercera generación y tiene la capacidad de generar lecturas largas de hasta 30,000 pb siempre y cuando el material genético cuente con los requisitos necesarios.

SMRT-Seq es una de las tecnologías con mayor impacto ya que por medio de ella se pueden obtener genomas cerrados, modificaciones de tipo 5-metil citosina y todos los tipos de modificaciones de nucleótidos, incluso detectar isoformas de genomas muy complejos.

La secuenciación con la plataforma PacBio opera dentro de un chip de silicio (celda SMRT), que contiene un gran número de pozos microscópicos llamados ZMW (zero-mode wave guides). Dentro de cada pozo, la secuenciación se realiza en modo de molécula circularizada llamada SMRTbell.

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Aplicaciones

• Secuenciación de genomas
• RNASeq e Iso-Seq, generación de transcriptomas de referencia
• Detección de variantes
• Secuenciación dirigida
• Metagenómica de genomas completos
• Epigenética

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Plataforma

• PacBio SEQUEL

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Descripción del Servicio

• Re-Purificación de la muestra.
• Generación de bibliotecas con promedio de longitud de ± 10Kb o ± 20Kb, dependiendo de la integridad de la muestra.
• Secuenciación a la profundidad requerida.

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Requisitos de la Muestra

a) Para bibliotecas de ± 10 Kb

• Se requiere DNA de alto peso molecular que tenga un tamaño mayor a 12 Kb.
• Es importante que a la hora de Extraer el DNA no se use UREA ya que inhibe la reacción.
• Se requieren 25 µg totales de DNA, medidos por espectrometría con OC 260/280 ≥ 1.8 OC 260/230: 1.8 a 2.2.

b) Para bibliotecas de ± 15 Kb

• Se requiere DNA de alto peso molecular que tenga un tamaño mayor a 20 Kb.
• Es importante que a la hora de Extraer el DNA no se use UREA ya que inhibe la reacción.
• Se requieren 25 µg totales de DNA, medidos por espectrometría con OD 260/280 ≥ 1.8 OC 260/230: 1.8 a 2.2

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Entrega de Resultados

Tiempo de entrega: La preparación de una biblioteca y la corrida de una SMRT-Cell toma aproximadamente dos semanas, dependiendo del tipo proyecto, del número de bibliotecas a preparar y de la profundidad de la secuenciación, se podrá estimar el tiempo de la entrega de los resultados.

Los formatos que genera el sistema Sequel durante la secuenciación son los archivos .bam y .bam.pbi, que se entregaran junto con el reporte del proyecto.

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Contacto

• Tec. María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera

guadalupe.mireles@cinvestav.mx

Tel. (462) 166 3024

• Tec. Rocío Razo Beltrán

rocio.razo@cinvestav.mx

Tel. (462) 166 3127

El genotipado basado en secuencias (GBS), se refiere a las técnicas para el estudio de la diversidad genética utilizando las tecnologías de Secuenciación de Nueva Generación que buscan la caracterización genética de los organismos en base a la generación de datos de decenas o incluso cientos de miles de marcadores moleculares, por medio de la secuenciación masiva de ADN.

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Descripción del servicio

El LabSerGen cuenta con la plataforma de Secuenciación y protocolos para llevar a cabo la tecnología ddRAD-Seq, utilizando el corte dual por las enzimas de restricción 'Bgl-II' y 'Dde-I' (ddRAD-Seq), y adaptadores complementarios a la plataforma de Illumina, esta metodología está basado en la modificación al protocolo de Brant K. Peterson (Peterson et al., 2009).

En caso de contar con un Genoma de referencia de su organismo de interés, en LabSerGen contamos con la metodología para hacer una simulación para evaluar el tamaño de las lecturas y profundidad óptimos para el análisis.

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Requisitos de la muestra

• Entregar DNA genómico de 0.5 a 1 μg, diluido en agua (o liofilizada), integro, limpio, y a una concentración no menor de 50 ng/μl medidos por espectrometría con OD 260/280 ≥ 1.8 OD 260/230: 1.8 a 2.2
• Incluir fotografía del gel de agarosa o gráfica que muestre la calidad e integridad de la muestra.

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Entrega de Resultados

• Se hace entrega de un reporte en formato PDF con la descripción del servicio y resultados obtenidos.
• Los archivos de secuenciación se entregan en formato fastq (archivos crudos) y FastQC (análisis de calidad).

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Contacto

• Tec. Guillermo Corona Armenta

guillermo.corona@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166 3024

• Tec. María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera

guadalupe.mireles@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166 3024

Los microarreglos permiten detectar moléculas de DNA o RNA por hibridación o adherencia de las moléculas en cuestión de DNA o RNA en un portaobjetos de vidrio, y detectar el DNA o RNA adherido con diferentes etiquetas o colores que permiten detectarse por un scanner de microarreglos.

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Aplicaciones

• Genotipado de genomas completos
• Microarreglos por diseño
• Predicción genética
• Estudio de variantes agrícolas y agronómicas
• Estudios GWAS
• Detección de enfermedades
• Estudio de variantes poco comunes
• Apoyo en procesos de control de calidad
• Análisis Forenses

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Plataforma

• IScan de Illumina

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Descripción del servicio

• Cuantificación del DNA o RNA por fluorescencia.
• Evaluación de la integridad del material genético proporcionado.
• Procesamiento de muestras para el servicio de microarreglos de acuerdo con el protocolo Infinium de Illumina.
• Escaneo de arrays en el sistema iScan de Illumina.
• Entrega de datos crudos (tabla Excel con los SNPs identificados por muestra), más archivos filtrados .ped y .map.

Aquí puedes consultar los arreglos disponibles para la plataforma Illumina

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Requisitos de la muestra

Las muestras de ADN deberán entregarse en placas de 96 pozos a una concentración de 35 ng/uL en un volumen de 40 µL cada una, cuantificación por espectrofotometría. Si la cuantificación es realizada mediante TapeStation se requiere el valor DIN de cada una de las muestras. La placa debe venir perfectamente sellada con tapetes de aluminio o tapetes adhesivos o tapas en tiras de ocho, se recomienda que las muestras se envíen congeladas en geles congelados para mantener las muestras frías a destino.

Incluir con la solicitud de servicio un archivo de Excel con IDS, concentraciones, las relaciones 260/280 y 260/230 => 1.8 y la fotografía de la integridad de cada muestra para identificarlos antes de su procesamiento. Los ID de las muestras deberán concincidir con los escritos en la solicitud, los ID no deben estar repetidos, si usted meterá una muestra por duplicado favor de identificarla con algún sufijo (ejemplo: R1, R2, …). El identificador dado por el usuario se utilizará para la muestra procesada hasta la entrega de resultados.

Importante:

a) Las muestras no deben presentar degradación, no se recomienda la amplificación del genoma entero de las muestras. No garantizamos los resultados de las muestras WGA'ed (amplificadas). Si esto fuese así, favor de notificar al responsable técnico.

b) Se recomienda que las muestras de ADN sean resuspendidas en buffer TE 1X (10mM Tris pH=8.0/1mM EDTA) o agua libre de nucleasas. No se debe utilizar inhibidor enzimático (no DEPC) para la preparación de las muestras.

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Contacto

• Ing. Flor María Xóchitl Zamudio Hernández

flor.zamudio@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024

• Tec. Guillermo Corona Armenta

guillermo.corona@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166 3024

Identificación molecular de Bacterias por medio del gen 16S

Identificación de Bacterias: El gen del RNA ribosomal o la secuencia codificante del RNA ribosomal “rRNA” del 16S de ~ 1,550 pb, se encuentra en todos los organismos procariontes (bacterias y arqueobacterias), es una secuencia de DNA ampliamente utilizada en estudios filogénicos y una herramienta muy poderosa para la identificación taxonómica. El gen 16S rRNA tiene varias regiones conservadas que son comunes a un gran número de especies bacterianas, y regiones variables, que son compartidas por menos especies. Es posible amplificar por PCR (reacción de polimerización en cadena) las regiones conservadas para una posterior identificación por secuenciación y análisis, sin embargo, amplificar la región utilizando los cebadores universales no puede apuntar a todas las bacterias o arqueobacterias.

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Objetivo

El objetivo de este servicio es que por medio de la amplificación de regiones conservadas del gen 16S e ITS con su posterior secuenciación y análisis, sea posible identificar el género y/o especie de una bacteria.

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Descripción del Servicio

• En LabSerGen contamos con dos variantes para el servicio de identificación que va a depender con qué tipo de material se inicie:
• Identificación molecular a partir de DNA genómico. Aplica cuando el usuario realiza la extracción de material genético en su laboratorio
• Identificación molecular a partir de un cultivo axénico. Aplica cuando el usuario tiene organismos aislados o colonias únicas y requiere que la extracción de DNA se realice en LabSerGen.

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Plataformas

• - Applied Biosystems 3730XL
• - SeqStudio Genetic Analyzer

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Requerimientos de las muestras

• DNA genómico
• Entregar al menos 300 ng de DNA genómico deberán de ser entregadas en tubos de 1.5-2 ml a una concentración de 50 ng/ul en 10 ul, en agua libre de nucleasas, no usar agua de DEPC. Las muestras deben tener una relación 260/230 y 260/280 de 1.8 a 2.0.
• Incluir una fotografía de un gel de agarosa que muestre la integridad del material genético del total de las muestras que se enlistan.
• Las muestras deben estar rotuladas de forma legible e indeleble, el ID proporcionado se utilizará para la entrega de resultados.
• El usuario debe asegurarse que las muestras enviadas por paquetería tengan las condiciones necesarias para evitar daños. El LabSerGen no se responsabiliza de tubos dañados o pérdidas de muestras en el proceso de envío.
• Si hay más de 20 muestras, el usuario deberá entregar la lista con los datos descritos en este documento.
• Importante: El usuario debe de entregar un DNA genómico proveniente de una cepa axénica. El LabSerGen no se hace responsable del empleo de muestras degradadas y de los resultados obtenidos.
• En caso de necesitar el servicio de purificación de DNA, deberá solicitar el formato de registro de muestras y llenarlo debidamente.

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Entrega de Resultados

a) Toda la información será transferida al cliente de forma segura y confidencial vía electrónica o digital.

b) Los datos que serán entregados incluyen:

Reporte de Resultados de los análisis solicitados.

• Electroferogramas editados Forward y Reverse de cada muestra en formato.ab1.
• Archivos FASTA generados a partir de los electroferogramas.
• Archivo de ensamblado en formato txt por muestra.

Importante:

a) La identificación a nivel de especie dependerá de la información contenida en las bases de datos.

b) El usuario tiene 3 meses posteriores a la entrega del reporte para recoger sus muestras y descargar sus datos, el laboratorio no se hace responsable de almacenarlos después de ese tiempo

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Contacto

• Ing. Flor María Xóchitl Zamudio Hernández

flor.zamudio@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024

• Tec. Guillermo Corona Armenta

guillermo.corona@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166 3024

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Identificación molecular de Hongos por medio del gen ITS

La región espaciadora interna transcrita, ITS por sus siglas en inglés (Internal Transcribed Spacer), se encuentra entre los genes del 18S rRNA, 5.8S rRNA y 28S, de hongos y otros eucariontes, y tiene un alto grado de variación en su secuencia, la cual es ampliamente utilizada para analizar la diversidad genética e identificación taxonómica. En el LabSerGen llevamos a cabo la amplificación la región ITS1 e ITS2 (región altamente conservada que te puede ayudar a identificar un gran rango de eucariotas) a través del PCR, seguido de la secuenciación capilar (método de SANGER) y la comparación de esta secuencia con Bases de datos especializadas.

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Descripción del Servicio

En LabSerGen contamos con dos variantes para el servicio de identificación que va a depender con qué tipo de material se inicie:

Identificación molecular a partir de DNA genómico. Aplica cuando el usuario realiza la extracción de material genético en su laboratorio. Incluye el Analisis de calidad de DNA, Amplificación de la región ITS de interés, Purificación de la muestra, Secuenciación capilar, Análisis de la secuencia e identificación usando bases de datos públicas.

Identificación molecular a partir de un cultivo axénico. Aplica cuando el usuario tiene organismos aislados. Incluye la extracción de ADN a partir de un cultivo axénico, Analisis de calidad de DNA, Amplificación de la región ITS de interés, Purificación de la muestra, Secuenciación capilar, Análisis de la secuencia e identificación usando bases de datos públicas.

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Descripción del Servicio

• En LabSerGen contamos con dos variantes para el servicio de identificación que va a depender con qué tipo de material se inicie:
• Identificación molecular a partir de DNA genómico. Aplica cuando el usuario realiza la extracción de material genético en su laboratorio
• Identificación molecular a partir de un cultivo axénico. Aplica cuando el usuario tiene organismos aislados
• En caso de necesitar el servicio de purificación de DNA, deberá solicitar el formato de registro de muestras y ponerse en contacto con Flor Zamudio (flor.zamudio@cinvestav.mx) para más imformación.

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Plataformas

• Applied Biosystems 3730XL
• SeqStudio Genetic Analyzer

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Requerimientos de las muestras de DNA genómico

• Las muestras de DNA genómico deberán de ser entregadas en tubos de 1.5-2 ml a una concentración de 50 ng/ul en 10 ul, en agua libre de nucleasas, no usar agua de DEPC. Las muestras deben tener una relación 260/230 y 260/280 de 1.8 a 2.0.
• No entregar menos de 300 ng totales del DNA genómico.
• El usuario debe entregar adicional a este formato, una fotografía de un gel de agarosa que muestre la integridad del material genético del total de las muestras que se enlistan.
• Las muestras deben estar perfectamente rotuladas de una manera legible e indeleble, el ID proporcionado será utilizado para la entrega de resultados.
• El usuario debe asegurarse que las muestras enviadas por paquetería tengan las condiciones necesarias para evitar daños. El LabSerGen no se responsabiliza de tubos dañados o pérdidas de muestras en el proceso de envío.

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Entrega de resultados

• Toda la información será transferida al cliente de forma segura y confidencial vía electrónica o digital.
• Los datos que serán entregados incluyen:
• Reporte de Resultados de los análisis solicitados.
• Electroferogramas editados Forward y Reverse de cada una de las muestras en formato.ab1
• Archivos FASTA generados a partir de los electroferogramas.
• Archivo de ensamblado en formato txt por muestra.

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Contacto

• Ing. Flor María Xóchitl Zamudio Hernández

flor.zamudio@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166 3126, 3167

• Tec. Guillermo Corona Armenta

guillermo.corona@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166 3024, 3167

La PCR en tiempo real es una variante del PCR de punto final, donde la acumulación de ADN amplificado es detectado y cuantificado a medida que la reacción avanza, es decir: “En tiempo real” esto se logra incorporando una molécula fluorescente que se asocia al ADN amplificado, donde el incremento de esta fluorescencia es proporcional al incremento de la cantidad de moléculas de ADN amplificadas en la reacción.

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Aplicaciones

• Análisis de Expresión Diferencial a partir de un gen
• Identificación de SNPs
• Detección de genes de interés
• Detección de patógenos u otros microorganismos
• Cuantificación de Bibliotecas NGS

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Plataformas

• ABI 7500 FAST Real Time PCR System
• ABI 7500 Real Time PCR System

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Descripción del Servicio

• Cuantificación del material genético proporcionado por el usuario
• Generación del cDNA (Si el usuario así lo solicita)
• Prueba de oligos
• Generación de la curva estándar por gen a evaluar
• Reacciones de PCR Tiempo Real usando SybrGreen
• Análisis de la expresión diferencial usando el método ΔΔCT

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Requerimientos de la Muestra

A) qPCR a partir de DNA

• Se requieren al menos de 1 ug de DNA por detección.
• Las muestras se entregarse liofilizadas o en agua.
• El usuario deberá proveer información del cociente D.O. 260/280 y D.O. 230/260, obtenido al momento de la cuantificación de las muestras (≥ 2.0).
• El usuario deberá proporcionar una fotografía de un gel de agarosa para verificar la integridad de la muestra.
• Las muestras individuales pueden enviarse en cualquier tipo de tubo, debidamente etiquetados (coincidiendo con el nombre en el formato), y perfectamente sellados.

B) qPCR a partir de RNA

• Se requieren al menos de 30-40 ug de RNA total para cada una de las condiciones a evaluar.
• Las muestras de RNA entregarse liofilizadas o en agua.
• El cliente deberá proveer información del cociente D.O. 260/280 y D.O. 230/260, obtenido al momento de la cuantificación de las muestras, este, en ambos casos deberá ser ≥ 2.0.
• El usuario deberá proporcionar una fotografía de un gel de agarosa desnaturalizante que muestre la integridad del RNA
• Las muestras individuales pueden enviarse en cualquier tipo de tubo, debidamente etiquetados (coincidiendo con el nombre en el formato), y perfectamente sellados, para evitar que en él envió se abran.

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Recomendaciones para la purificación y extracción del RNA

Se recomienda a los usuarios que la extracción del RNA lleve a cabo mediante Fenol ácido o Trizol, y el RNA extraído sea sometido a un paso de purificación posterior haciendo uso de columnas de sílica gel.

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Requerimientos para los Oligonucleótidos (iniciadores)

El grado de pureza recomendado es HPLC, pero, en la mayoría de los casos, oligonucleótidos solo desalados pueden emplearse sin problema. Junto con las muestras y los oligonucleótidos, se debe entregar el formato de solicitud de servicio.

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Entrega de Resultados

• Los resultados generados serán enviados al cliente a través de correo electrónico en un archivo Excel, los datos entregados incluyen:
• Las imágenes correspondientes a la curva de disociación y la Tm para cada uno de los amplicones.
• Los rangos dinámico-establecidos que garantizan la eficiencia de la reacción de PCR.
• En análisis de expresión diferencial relativo al tratamiento seleccionado como calibrador.

Contacto

• Laura Cecilia Gutiérrez López

cecilia.gutierrez@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3022, 166 3023, 166 3021

 

En el Laboratorio de Servicios Genómicos se realiza la extracción de ácidos nucleídos (DNA genómico, DNA nuclear y RNA). El material genético obtenido es recomendable emplearlo para Secuenciación de Nueva Generación (NGS), secuenciación capilar, microarreglos o PCR en tiempo real.

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Descripción del Servicio

• Molienda del tejido de interés usando nitrógeno líquido (Cuando el usuario lo requiera).
• Aislamiento de los ácidos nucleicos totales o nucleares del tejido u organismo de interés. No se reciben organismos patógenos de humanos.
• En caso de contar con tejidos recalcitrantes o de difícil extracción, se deberá realizar una prueba, misma que tiene un costo extra.
• Cuantificación por espectrofotometría y verificación de la integridad en gel de agarosa.

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Servicios de extracción

• Extracción de DNA genómico (plantas, insectos, hongos, bacterias, suelo,etc)
• Extracción de DNA nuclear (plantas, hongos)
• Extracción de RNA total (plantas, insectos, hongos, bacterias, suelo,etc)
• Extracción de DNA humano a partir de saliva

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Entrega de Resultados

Se entregará un reporte con la cuantificación por espectrofotometría y fluorescencia junto con la fotografía de la integridad de cada muestra en un gel de agarosa.

Las muestras estarán almacenadas a -20 ºC o -70ºC durante 30 días posteriores a la entrega de los resultados, el usuario puede recogerlas o bien, si decide que se le envíen de regreso por paquetería, se le incluirá el costo en la cotización expedida.

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Requerimientos de las muestras

Para mayor información relacionada al tipo de muestras a procesar, las condiciones y proceso de envío, favor de contactarse con Flor Zamudio (flor.zamudio@cinvestav.mx).

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Contacto

• Ing. Flor María Xóchitl Zamudio Hernández

flor.zamudio@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126,3167

 

La Bioinformática pertenece al campo de las ciencias computacionales que utiliza programas y herramientas de software para el análisis de datos masivos combinando biología, Química, Física, Ciencias de la computación, Matemáticas y Estadística para analizar e interpretar datos de origen Biológico. Esta disciplina nos permite recopilar, manejar, almacenar y analizar los datos biológicos, desde los derivados de la secuenciación de nueva generación (NGS, por sus siglas en inglés), proteómica, metabolómica, hasta los datos de imagen o clínicos, por mencionar algunos.

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Servicios disponibles

• Análisis de Secuencias AB1 provenientes de secuenciación capilar
• Análisis de metagenómas y metatrascriptómas
• Identificación taxonómica de lecturas 16S, ITS, etc.
• Preprocesamiento de lecturas crudas
• Ensamblado de genomas, transcriptomas y plásmidos
• Anotación de genes
• Análisis de Expresión Diferencial
• Llamado de variantes

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Descripción del servicio

El servicio consiste en ordenamiento y procesamiento de datos generados por plataformas de secuenciación capilar y de nueva generación, para que el usuario pueda darles significado biológico a estos datos.

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Solicitud del servicio

La solicitud del servicio se realiza contactando a nuestro equipo de especialistas, que asesorarán y orientarán sobre el tipo de análisis requerido, luego nuestro equipo emitirá una opinión cercana a sus necesidades y se entregará una cotización formal del caso.

Con la firma de aceptación de la cotización, por el usuario, se procede a realizar el servicio solicitado.

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Entrega de resultados

• El tiempo de entrega de resultados, dependerá del tipo y complejidad del análisis solicitado.
• El usuario podrá descargar sus datos, desde la nube del LabSerGen.
• Se entrega un reporte en PDF de los análisis realizados.
• Se entrega un conjunto de archivos con los análisis realizados a solicitud del usuario.

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Contacto

• Dra. Karina Atriztán Hernández

karina.atriztan@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3021

En LabSerGen ofrecemos el servicio de uso de equipos, el usuario deberá solicitar una cotización de acuerdo al el equipo de interés con una descripción de la aplicación, tiempo de uso y número de muestras a procesar.

Consultar la Infraestructura disponible en LabSerGen para solicitar una cotización correspondiente al equipo requerido.

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Contacto

• Dra. Karina Atriztán Hernández

karina.atriztan@cinvestav.mx

Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3021