Durante el primer cuatrimestre el estudiante cursará una materia de didáctica, una de biología, una de trabajo en proyecto y trabajo en aula. Desde el principio, se adherirá a un proyecto eje y se le asignará un asesor con quién desarrollará la tesis. En este cuatrimestre el estudiante realizará el diagnóstico del reto didáctico que buscará atender en su proyecto de tesis.

Durante el segundo cuatrimestre el estudiante cursará una materia de didáctica, una de biología, una de trabajo en proyecto y trabajo en aula. En este cuatrimestre el estudiante realizará un diseño didáctico pertinente y contextualizado, con la guía de los tutores de proyectos.

Durante el tercer cuatrimestre el estudiante cursará una materia de didáctica, una de biología, una de trabajo en proyecto y trabajo en aula. En este cuatrimestre el estudiante aplicarán en el aula el diseño realizado y recabarán datos de aula de manera sistemática.

Del cuarto al sexto cuatrimestre los docentes cursarán 16 asignaturas, 14 de carácter obligatorio y dos optativas. Las materias obligatorias abordan elementos teórico-metodológicos de didáctica de la biología para la formación ciudadana y elementos claves de formación disciplinar de biología. Las asignaturas optativas buscan fortalecer dominios específicos de carácter científico y social, que durante el trayecto de la maestría se identifiquen como prioritarios para el desarrollo del trabajo de tesis. Las asignaturas se desarrollarán a manera de seminarios. En cuanto al proyecto en estos semestre se realizarán las fases de análisis, reelaboración y reporte.

Documentos administrativos:

• Curriculum vitae.
• Acta de nacimiento.
• Clave Única de Registro de Población (CURP).
• Título de licenciatura.
• Cédula de licenciatura (si se tiene).
• Certificado de estudios de licenciatura con promedio mínimo de 8 (si el certificado no tiene el promedio, debe anexarse documento probatorio del promedio, emitido por la institución).
• Acta de examen de licenciatura (o documento que compruebe la modalidad de titulación).
• Documentos que avalen la experiencia docente (si se cuenta con ellos).
• Tres fotografías tamaño infantil.

- Para extranjeros se requiere documentos apostillados.

Documentos académicos:

• Carta de exposición de motivos por los cuales desea incorporarse a la maestría (máximo 1 cuartilla).
• Anteproyecto de innovación en enseñanza de la biología (cinco a diez cuartillas)
• Comprobante de aprobación del curso de pre-requisitos

• Aprobar cada uno de los cursos del cuatrimestre anterior con una calificación mínima de 7 (siete) y mantener un promedio en todos los cursos mínimo de 8.0 (ocho).
• A final del tercer cuatrimestre, presentar públicamente su experiencia de innovación así como los datos recabados en aula y la propuesta de análisis que realizará para su documento de tesis.
• Asistir al 80% de los seminarios internos que se programen.
• Al final del sexto cuatrimestre, presentar la defensa de la tesis de grado.

Para obtener el grado será necesario:

• Haber aprobado la totalidad de los cursos designados por el Colegio de Profesores del programa.
• Realizar un proyecto de tesis de maestría relevante, original e inédito.
• Haber escrito la tesis y tenerla aprobada por escrito por tres sinodales que serán designados por el Colegio de Profesores del programa.
• Aprobar la defensa oral de la tesis de maestría en examen abierto, ante el jurado compuesto por tres sinodales.

El objetivo de esta línea es comprender las interacciones en el aula en las que se desarrolla la contrastación de puntos de vista, la elaboración de explicaciones, debate y argumentación alrededor de los fenómenos y procesos naturales en estudio. Interesan también las interacciones alrededor de actividades prácticas, simulaciones, indagación y proyectos. Lo anterior se estudia en el contexto del estudio de contenidos biológicos de relevancia personal o colectiva en contextos urbanos, rurales e indígenas; problematizando la enseñanza de la biología y áreas afines en situaciones particulares.

Forman parte de esta línea Alma Alma Adrianna Gómez Galindo, Gonzalo Peñaloza Jiménez, Mauricio Carrillo Tripp, Alejandra García Franco, Nora Bahamande, Sabrina Patricia Canedo Ibarra​.

El objetivo de esta línea es plantear propuestas pedagógicas que aporten estrategias y actividades concretas orientadas al desarrollo del pensamiento científico en las condiciones reales de las aulas de educación básica. Donde además de considerar los contenidos conceptuales, se favorezca el desarrollo de competencias que los acerquen a las formas de saber hacer y pensar en el mundo de las ciencias. Las propuestas contemplarán la relación de las competencias de pensamiento científico con la toma de decisiones a nivel personal, y social.

Forman parte de esta línea Ma. Teresa Guerra Ramos, Daniel Sánchez Herrera, José Rafael Guzmán Sepulveda y Adriana Piedad García, Mauricio Carrillo Tripp, Marcos Nahmad Bensusan.

El objetivo de esta línea es comprender los procesos de enseñanza aprendizaje en el contexto de temas socio-científicos relacionados con la problemática ambiental y de salud. Esto se aborda desde una perspectiva interdisciplinaria que integra conocimientos, valores, actitudes y aspectos culturales en los planteamientos didácticos con la finalidad de ofrecer una formación integral que promueva la toma de conciencia, las decisiones informadas y la solución de problemas.

Forman parte de esta línea Tatiana Iveth Salazar López, Gonzalo Peñaloza, Ma. Teresa Guerra Ramos, Roxana G. Gutiérrez Vidal, S. Lizette Ramos de Robles y Nora Bahamonde.