Servicios


 

Laboratorio de Metabolómica y Espectrometría de Masas

Metabolomic's Lab

 

Antecedentes

El Laboratorio de Metabolómica y Espectrometría de Masas comenzó operaciones al público en enero de 2015. Se encuentra ubicado en el segundo piso del edificio A de laboratorios de la institución.

La investigación que se desarrolla es financiada a través de proyectos Conahcyt. Con el fin de atraer fondos continuamente se está participando en las diferentes convocatorias de instituciones gubernamentales y no gubernamentales.

Además de ello, el laboratorio está enfocado en el servicio interno y externo tanto a academia como a empresas y particulares, ofreciendo diferentes técnicas de análisis, mediante el manejo de diversas plataformas de cromatografía y espectrometría de masas.

Somos un laboratorio especializado que colabora y apoya a colegas a través de un espectro de disciplinas, al mismo tiempo que desarrollamos proyectos de nuestros propios intereses de investigación. Proporcionamos acceso a una amplia gama de técnicas de cromatografía y espectrometría de masas que mejoran proyectos de investigación.

Nuestra experiencia en el campo de la cromatografía y espectrometría de masas está disponible para clientes corporativos e instituciones académicas externas. A través de nuestro personal altamente capacitado, colaboramos estrechamente con nuestros clientes para atender sus requerimientos. Esto implica realizar análisis de muestras, establecer contratos de investigación, ofrecer cursos de capacitación y brindar servicios de consultoría.

Si desconoce cuál es la mejor opción para su proyecto de investigación y quisiera discutir sus ideas, póngase en contacto con nosotros para diseñar la mejor estrategia analítica que le brinde los mejores resultados para su proyecto.

Informes

Tel: 014621663000

  • Ext. lab: 3132 y 3133
  • Ext. oficina: 3134
  • Ext. estudiantes:  3121

metabolomics@cinvestav.mx                        

paulina.guevara@cinvestav.mx

Impulsar el uso de las diferentes técnicas de cromatografía y  espectrometría de masas para el análisis cualitativo y cuantitativo, que permitan facilitar la investigación científica en proyectos académicos y del área industrial, en la región, a nivel nacional e internacional. Además, de establecer convenios de colaboración con instituciones académicas y empresariales.

Ofrecer soluciones especialmente diseñadas para las diferentes demandas de análisis de identificación y cuantificación a través del uso de la cromatografía y espectrometría de masas. Además, de la continua formación de recursos humanos capacitados en el área, y de la difusión del uso y el potencial de las distintas técnicas.

Ofrecemos  una amplia gama de opciones:

 ÓMICAS:

  • Metabolómica
  • Lipidómica
  • Proteómica 
  • Glicómica

A continuación se describen algunas de las aplicaciones que se pueden implementar en cada una de las plataformas disponibles en el laboratorio. Además estamos abiertos al desarrollo de nuevas técnicas para cubrir necesidades específicas de nuestros clientes.


HPLC-ELSD

  • Identificación y cuantificación de azúcares simples: sacarosa, glucosa, fructosa, xilosa, lactosa, oligosacáridos.
  • Identificación y cuantificación de lípidos.
  • Identificación y cuantificación de fructo-oligosacáridos.

 HPLC-DAD

  • Identificación y cuantificación de compuestos fenólicos, flavonoides, flavonoles, ácidos orgánicos, ácidos hidroxicinámicos.
  • Identificación y cuantificación de aditivos alimenticios, conservadores y edulcorantes.
  • Identificación y cuantificación de carotenoides.

 HPLC- FLD

  • Identificación y cuantificación  de aflatoxinas (previamente purificadas por cromatografía de afinidad).

GC-MS-EI

  • Identificación y cuantificación de ácidos orgánicos.
  • Identificación y cuantificación de metabolitos primarios (aminoácidos, lípidos, ácidos grasos).
  • Cuantificación de plaguicidas varios.
  • Identificación de compuestos bioactivos.
  • Identificación  de gases.

 ICP-MS

En esta plataforma se ofrecen técnicas de análisis elemental  en las siguientes matrices:

  • Análisis de agua
  • Análisis de suelo
  • Análisis de granos maíz
  • Análisis  de pulpa de aguacate
  • Análisis de bebidas energéticas
  • Análisis de grano de café
  • Análisis de pasta de tomate
  • Análisis de leche
  • Análisis de soya
  • Análisis de espinacas

Si  se requiere también se pone a disposición  la extracción y/o digestión de la muestra previo al análisis por ICP-MS.


LCT-PREMIER XE

  • Medición de masa exacta, perfiles metabólicos.
  • Metabolómica no dirigida en muestras extraídas de diferentes matrices líquidas o sólidas y provenientes de tejido animal o vegetal.
  • Detección y cuantificación de metabolitos provenientes de matrices varias, alimentos, plantas y/o animales.

PROTEÓMICA

  • Identificación de proteínas en bandas de gel
  • Secuenciación de novo de péptidos no ribosomales (NRP)
    • Péptidos cíclicos
    • Péptidos lineales
  • Identificación de proteínas shotgun por nanoLC-MS/MS (nanoAcquity – Synapt G1)
  • Cuantificación de proteínas sin marcado por nanoLC-MSE (nanoAcquity – Synapt G1)
  • Desarrollos bajo demanda:
    • Métodos de cuantificación de proteínas con marcado (SILAC, etc.)
    • Interactómica: identificación de complejos proteicos
    • Etc.

SYNAPT MALDI QTOF

  • Medición de masa exacta, perfiles metabólicos, información estructural por fragmentación (MS2 y MS3).
  • Metabolómica dirigida y no dirigida en muestras extraídas de diferentes matrices líquidas o sólidas y provenientes de tejido animal o vegetal.
  • Identificación y cuantificación de metabolitos y proteínas.
  • Medición de sección transversal colisional promedio CCS  (Ω en Å2). Figura 1.
  • MS Scan, fragmentación MSMS, fragmentación dirigida MSMS, fragmentación dirigida y no dirigida antes o después de separación por movilidad iónica.
  • Pre-identificación de metabolitos de interés usando Progenesis QI y bases de datos en linea.
  • Generación de posibles metabolitos (pre-identificados o no) por Progenesis QI compatible con Excel.
  • MALDI imaging.

Comparación del metaboloma y transcriptoma en Capsicum.

El objetivo de este proyecto es explorar el perfil global de metabolitos en diferentes especies del género Capsicum e integrar los resultados con datos de transcriptómica ya reportados en la literatura. En este proyecto desarrollaremos métodos de metabolómica no dirigida usando espectrometría de masas de alta resolución, además del uso de software del estado del arte para el análisis de datos de metabolómica. Con la integración de los datos pretendemos generar por primera vez el metaboloma del género CapsicumResponsable: Felipe de Jesús Cervantes Hernández

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Fructanos: moléculas dinámicas en Agave tequilana.

Los fructanos son polisacáridos de reserva de la planta Agave tequilana. Su importancia en la producción de tequila y sus propiedades benéficas en la salud humana le confieren un pasaporte en la investigación científica actual. En este proyecto, pretendemos enfocar nuestros objetivos a la puesta en marcha de un sistema multidisciplinario para estudiar la distribución espacio-temporal de éstas moléculas. Nuestros objetivos son: desarrollar métodos de imaging con espectrometría de masas con fuente de ionización MALDI e inmunolocalización con anticuerpos monoclonales para mapear fructanos en su sitio de síntesis y/o procesamiento, generando con esto, una visión integrativa de los fructanos como moléculas dinámicas. Responsable: Arely Viridiana Pérez López

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Perfiles de oligómeros de ácido ferúlico y su variación natural en granos de maíz.

Los maíces pigmentados como rojo, morado, negro, verde y azul atribuyen su diferencia en color a las antocianinas y a los compuestos fenólicos, y deben su importancia económica a sus propiedades nutricionales, nutracéuticas y su poder antioxidante. Estos compuestos se encuentran principalmente en el pericarpio del grano y la capa de aleurona. Los compuestos fenólicos se agrupan en solubles, esterificados (a las cadenas de arabinoxilanos constituyentes de la pared celular), eterificados, e insolubles por la naturaleza de su extracción. 

El ácido ferúlico (ácido (E)-3-(4-hidroxi-3-metoxi-fenil) propil-2-enoico) representa alrededor del 85 por ciento de los fenoles totales y se concentra en el pericarpio del grano en forma libre o esterificado. El ácido ferúlico forma dímeros (y oligómeros de mayor DP) bajo condiciones oxidativas catalizadas por catalasas o inducido por reacciones fotoquímicas, en la Figura 1, se pueden observar los dímeros más comunes en el pericarpio del grano del maíz.

En este proyecto pretendemos mejorar la metodología analítica para el estudio de los oligómeros de ácido ferúlico en el grano de maíz, con el objetivo de revelar nuevos oligómeros aún no descubiertos, que nos ayuden a entender su variabilidad estructural a partir de una selección de maíces de textura del endospermo y color de pericarpio contrastantes.


Comparación del metaboloma y el transcriptoma de vainilla de diferentes regiones de México.

La vainilla es un legado de México, y como el chocolate, una importante delicia mundial, tiene su centro de origen en México, donde se ha cultivado desde tiempos prehispánicos en diferentes regiones, posteriormente fue llevada a Europa. El principal constituyente aromático de la vainilla es la vainillina, sin embargo, tiene una gran diversidad de compuestos que contribuyen al aroma y sabor de las vainas curadas.  El objetivo de este proyecto es comparar los metabolitos presentes en vainillas de diferentes regiones productoras de México. Responsible: Josué Esaú Macías López


Desarrollo de MALDI-MS imaging para la localización de citocininas en Arabidopsis thaliana.

La distribución espacio-temporal molecular revelada por las imágenes de espectrometría de masas con la técnica MALDI (Matrix assisted laser Desorption Ionization, Mass Spectrometry Imaging) ha recibido un uso creciente en la investigación biológica de plantas en los últimos años. Esta construye un arreglo bidimensional de una muestra, generando una serie de espectros de masas para cierta coordenada (x,y), que es luego convertida en un pixel para la generación de una imagen al graficar la intensidad relativa de todos los iones detectados. En el laboratorio estamos aplicando esta poderosa herramienta para el estudio de la distribución de fitohormonas, particularmente citocininas, en el gineceo: la parte reproductiva femenina de una flor (A. thaliana y tomate Solanum lycopersicum).


Construcción de la huella metabolómica del suelo mediante un análisis no dirigido, como indicador de calidad de suelos agrícolas.

El presente trabajo se enfoca en tratar de generar la huella metabolómica de un suelo agrícola regado con aguas residuales en comparación de un suelo regado con aguas “blancas” o de pozo, con el objetivo de evaluar el impacto del riego en la producción de metabolitos y en las relaciones tróficas y de equilibrios mediante la cuantificación de metabolitos del suelo. La generación de esta huella metabolómica pretende ser usada como un indicador de la calidad de un suelo.

  • Dr. José Juan Ordaz-Ortiz

Tel: +52 (462) 166-3000 ext. 3134
E-mail: JOSE.ORDAZ.ORTIZ@CINVESTAV.MX

  •  Dr. Luis G. Brieba de Castro

Laboratorio de Bioquímica Estructural
Langebio, Cinvestav-IPN
Tel: +52 (462) 166-3000 ext. 3007
E-mail: LUIS.BRIEBA@CINVESTAV.MX


Asesores científicos

  • Dr. Robert Winkler

Laboratorio de Bioquímica y Análisis Instrumental

Depto. de Biotecnología y Bioquímica

Unidad Irapuato, Cinvestav-IPN

Tel: +52 (462) 6239000 ext. 9635

E-mail: ROBERT.WINKLER@CINVESTAV.MX

  • Dr. Jorge Molina Torres

Laboratorio de Fitobioquímica

Depto. de Biotecnología y Bioquímica

Unidad Irapuato, Cinvestav-IPN

Tel: +52 (462) 6234000 ext. 4695

E-mail: JMOLINAT@CINVESTAV.MX

El usuario debe llenar la solicitud de cotización de servicio. 

Una vez acordado el servicio y aceptado la cotización, las muestras podrán entregarse personalmente o bien ser enviadas vía paqueteria exprés (con costo cubierto por el solicitante).

Horario de atención a clientes

 Lunes a viernes de 9:00 a 17:00 horas.

 Tel. +52 (462) 166 3024

Invitamos a los usuarios y colaboradores de instituciones académicas y empresas comerciales, a ponerse en contacto con nosotros para discutir cómo podemos ayudar a avanzar en sus proyectos de investigación a través de la aplicación de las diferentes técnicas de cromatografía y espectrometría de masas.

Si requiere un servicio, favor de llenar el formulario siguiente.

Si tiene alguna duda respecto a nuestros servicios, comuníquese con nosotros.

Nombre: Paul Pascual Alcalá González 

Ocupación: Estudiante Licenciatura en biología Experimental - Universidad de Guanajuato

Realicé mi servicio social profesional para la licenciatura en el laboratorio de Metabolómica y Espectrometría de Masas bajo la dirección del Dr. José Ordaz-Ortiz. Durante 6 meses colaboré en la parte experimental del proyecto “Análisis de tejido específico del fruto del chile (Capsicum annuum) a diferentes estadios del desarrollo” realizado técnicas de extracción y manejo de cromatografía de líquidos (LC). Esta experiencia me permitió aprender acerca de diferentes técnicas y equipos, incluso del ambiente social en la Unidad de Genómica Avanzada (UGA-CINVESTAV). Me agradó el ritmo de trabajo porque tenía la libertad de organizar mis horarios y actividades. El ambiente dentro del laboratorio es muy agradable, encontré mucha ayuda durante el proyecto por parte de cada uno de los integrantes, siempre fueron muy solidarios y respetuosos al compartir las instalaciones y equipos. Con esta experiencia se generó en mi el interés por los análisis metabolómicos en plantas, así como, entender la importancia de las técnicas analíticas como lo es cromatografía. Agradezco mucho la paciencia y el interés que tuvieron para enseñarme, principalmente porque me trataron como alguien capaz e independiente de realizar un proyecto; por depositar en mi la confianza al momento de usar equipos y materiales, esto me permitió adquirir destreza en el laboratorio enriqueciendo mi formación académica y me motivo a seguir estudiando un posgrado.


Nombre: Luis Varela Rodríguez

Ocupación: Estudiante de Doctorado de Cinvestav Zacatenco

Realicé dos estancias de investigación en mayo y julio de 2016 respectivamente, con una duración de 30 días cada una en el Laboratorio de Espectrometría de Masas del LANGEBIO, con la finalidad de llevar a cabo una colaboración con el Departamento de Infectómica y Patogénesis Molecular del CINVESTAV unidad Zacatenco, en el proyecto de caracterización química de la planta medicinal Rhus trilobata; para lo cual se utilizó el equipo UPLC-Synapt, y actualmente se está centrando el trabajo de investigación en la purificación del principio activo de la misma, por medio de HPLC-Semiprep. El ambiente de trabajo es agradable y cuentan con la infraestructura, materiales y equipos necesarios para llevar a cabo estudios de metabolómica en el área de plantas, además el Dr. Ordaz-Ortiz es una persona muy preparada y se encuentra al pendiente para esclarecer cualquier duda o proporcionar el asesoramiento oportuno en cada momento y de manera personal, puedo decir que me dio mucho gusto  poder llevar a cabo la colaboración entre ambas instituciones, ya que pude aprender sobre técnicas de espectrometría de masas y avanzar más en mi proyecto de investigación.


Nombre: Ivette Stephanie Rodríguez Reyna

Ocupación: Estudiante de Licenciatura de la Universidad Autónoma de Chihuahua

En el verano de 2016, tuve la grata fortuna de realizar una estancia en el Laboratorio de Espectrometría de Masas, del departamento de metabolómica, donde  un excelente grupo de trabajo me facilitó el uso de diversos equipos. Lo cual fue de gran importancia para la caracterización fitoquímica de la planta Rhus trilobata nativa del estado de Chihuahua, parte importante de un proyecto de investigación que se está llevando a cabo entre el Departamento de Infectómica y Patogénesis Molecular del CINVESTAV Unidad Zacatenco y la Universidad Autónoma de Chihuahua. Además de la agradable experiencia de estar rodeada de tan maravillosas y trabajadoras personas, es reconfortante saber que laboratorios de alta calidad, presten sus servicios y contribuyan en el desarrollo de la investigación.    


Nombre: Cleyva Sarahí Bueno Trejo

Ocupación: Industria Cosmética

Una de mis más grandes experiencias, es haber realizado mis prácticas profesionales en el Laboratorio de Espectrometría de Masas, desarrollando el proyecto de "Perfiles de Oligómeros de Ácido Ferúlico y la variación natural del pericarpio del grano de maíz (Zea mays)", donde tuve la oportunidad de ser capacitada para manejar equipos de alta resolución. Además, tuve la fortuna de conocer y convivir con los profesionales que integran el equipo de trabajo, quienes siempre me brindaron su ayuda y confianza, lo que me permitió adquirir conocimientos que me fortalecieron y reafirmaron mi interés por el área. El haber realizado una estancia ahí, me abrió las puertas como docente y en la industria cosmética, en donde actualmente me desempeño.


Nombre: Luis Alberto Martínez López

Ocupación: Estudiante Doctorado en Biotecnología de Plantas, Cinvestav-Irapuato.
Como parte de mi tesis doctoral estamos trabajando en colaboración con el Laboratorio de Espectrometría de Masas con el objetivo de determinar los perfiles de secreción y/o consumo del exometaboloma de la cianobacteria Synechococcus elongatus UTEX 2973. Ha sido una experiencia gratificante colaborar con este laboratorio. Mi trabajo doctoral lo realizo en Cinvestav Irapuato en el grupo de Genómica Evolutiva.


Nombre:  Norma Paulina Arzola Guerrero

Ocupación:  Estudiante

Durante el periodo del 19 de junio al 19 de julio lleve a cabo mis prácticas profesionales en donde  fue una etapa de gran aprendizaje pues mis conocimientos se ampliaron llevándome a un área de práctica mucho más eficaz, pues  las personas responsables del laboratorio son personas calificadas y serias ante su trabajo, lo que hace que durante tu estancia mejores tanto personalmente como laboral pues te conducen a tener una mentalidad de éxito y dedicación.

  • Dr. José Juan Ordaz Ortiz

Investigador titular 

jose.ordaz.ortiz@cinvestav.mx

Tel:  01 (462) 166 3000 ext. 3134


 

 

Infraestructura

  • GC-MS-EI System (Agilent Technologies, USA)

     

  • HPLCs 1200 Series con FLD, DAD  y ELSD (Agilent Technologies, USA)

     

  • ICP- MS System (Perkin Elmer/Sciex USA)

     

  • LCT Premier XE TOF (Waters, UK)

     

  • SYNAPT MALDI HDMS QTOF (Waters, UK)

     

Localización

UGA-Langebio, Cinvestav
Tel. 01 (462) 166 3000
Km 9.6 Libramiento Norte Carretera León
C.P. 36821 Irapuato, Guanajuato, México


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