Servicios


 

Laboratorio de Servicios Genómicos

LabSerGen

 

 

Antecedentes

El Laboratorio de Servicios originalmente denominado como “Laboratorio de Química de DNA”, inició sus tareas en 1989, como parte del Depto. de Ingeniería Genética del CINVESTAV Irapuato, ofreciendo los servicios de síntesis de oligonucleótidos y secuenciación manual de DNA.

En abril del 2004 fue aprobado el proyecto para la creación del Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (LANGEBIO), como una acción estratégica para el desarrollo científico y tecnológico del país, gracias al apoyo decidido del Gobierno Federal, Gobierno del Estado de Guanajuato y Dirección General del CINVESTAV. El “Laboratorio de Química de DNA pasó a ser parte del Langebio y fue renombrado como “Laboratorio de Servicios Genómicos” (LabSerGen).

El Laboratorio de Servicios Genómicos del LANGEBIO, posee la infraestructura tecnológica y los recursos humanos especializados, para dar apoyo a la investigación científica relativa a la Genómica y Transcriptómica, tales como la Secuenciación de ADN utilizando tecnología capilar, la tecnología de nueva generación y la tecnología de última generación; también cuenta con el servicio de detección y análisis con tecnología de PCR Tiempo Real, servicio de procesamiento y análisis de Microarreglos, extracción de material genético, entre otros.

Informes

Ana Lucia Rodríguez Heredia

lucia.rodriguez@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3022

Ofrecer servicios de secuenciación de DNA, análisis de poblaciones y análisis bioinformático de datos genómicos, a todas las instituciones de investigación del país, al sector agrícola y biotecnológico, a las instituciones de salud y al sector empresarial.

Mantener el Laboratorio de Servicios Genómicos a la vanguardia tecnológica para poder ofrecer los servicios a todos los sectores interesados.

La secuenciación de ADN por tecnología capilar se realiza utilizando el método del dideoxi-terminal, desarrollado por Frederick Sanger, este método se basa en la capacidad de la DNApolimerasa para generar cadenas de diferentes tamaños de ADN complementario a una cadena patrón, esto debido a que en la mezcla de reacción son incluidos los 4 dideoxinucleotidos marcados con fluorescencia diferencial, que al ser incorporados a la cadena en crecimiento detienen la polimerización.

Utilizando la técnica de Sanger en sistemas automatizados de tecnología capilar y de fluorescencia, se puede detectar de manera diferencial cada uno de los dideoxinucleótidos que se adicionan al final de una fragmento en polimerización que es separado, de otros fragmentos de diferente tamaño, por medio de una electroforesis capilar y por medio de un software, se descifra la secuencia de un fragmento de ADN.

La secuenciación se realiza utilizando la química BigDye Terminator v3.1 y electroforesis en sistema multicapialr automático.

LabSerGen, ofrece a todo el sector académico, industrial y publico el servicio de secuenciación de ADN. Para ello cuenta con el equipo AB3730 que emplea la técnica de Sanger y tecnología capilar.

Información del Servicio

  • Secuenciación de productos de PCR, plásmidos, ADN cadena sencilla, BACs, etc. Las secuencias se obtienen utilizando los primers del usuario o primers estándar.
  • Se generan lecturas de aproximadamente 800 nucleótidos.  La longitud de la secuencia que se obtenga depende de la calidad, integridad y concentración de la muestra.  Por lo que teniendo una buena muestra podrán obtenerse más lecturas.
  • La secuenciación por Sanger permite procesar desde una muestra en formato individual hasta 96-384 muestras en formato de placa.
  • Visualización, edición y valoración de la calidad de los resultados, que serán enviados vía correo electrónico.
  • Resultados en un máximo de 7 días desde la recepción de la muestra.
  • Se deberá entregar junto con la muestra, el FORMATO DE SOLICITUD DEL SERVICIO.

Requerimientos de la Muestra

Formato individual 

  • El ADN debe estar libre de ARN, fenol, sales, etanol, EDTA, proteínas, detergentes.
  • En el caso de secuenciación directa de productos de PCR, éstos deben estar libres de subproductos, primer excedentes, dNTPs y sales.
  • El ADN puede estar liofilizado o resuspendido en agua.
  • Indicar en el formato de solicitud de secuenciación el tipo de vector, tamaño del inserto y concentración de la muestra. El nombre (muestra y primer) debe ser menor a 8 caracteres y que coincida con el etiquetado del tubo.
  • Las muestras que se reciban a una concentración menor a la mínima solicitada no serán viables de ser procesadas.

Formato en placa

  • El ADN debe estar libre de ARN, fenol, sales, etanol, EDTA, proteínas, detergentes, etc. En el caso de secuenciación directa de productos de PCR, éstos deben estar libres de subproductos, primer excedentes, dNTPs y sales.
  • El ADN puede estar liofilizado o resuspendido en agua.
  • La concentración debe ser homogénea en toda la placa de acuerdo al tipo de muestra, ya que en este caso no se cuantifican.
  • Las placas deben estar perfectamente selladas con tapete adhesivo impermeable, para evitar contaminación cruzada.
  • Indicar en el formato de solicitud de secuenciación el tipo de vector, tamaño del inserto, concentración y tipo de la muestra. El nombre de la placa debe ser menor a 8 caracteres y que coincida con el etiquetado en la placa.

Para ambos casos se sugiere que la cuantificación se realice por espectrometría o fluorometria, con la idea de lograr una medición lo más exacta posible, esto para evitar reacciones fallidas que también serán cobradas, Una manera de asegurar la integridad de la muestra es verificar que la relación O.D. 260/280nm este en un rango de 1.7-2.0 y la relación Abs 260/230 este en 2.0.

La muestra a mayor limpieza, generara una mayor cantidad de bases secuenciadas, para los productos de PCR es muy importante asegurar que la banda de amplificación sea única, el producto debe estar purificado por columna (que no contenga fibra de vidrio) para eliminar los primer y nucleótidos excedentes de la reacción.

Primers

  • Los primer deben estar resuspendidos en agua.
  • La secuenciación se puede realizar con primer específicos del gen o con primer estándar.
  • Es recomendable enviar directamente del Stock un volumen de al menos 5µL por cada muestra que se quiera secuenciar.
  • El servicio dispone de los iniciadores universales para vectores tales como M13FW, M13Rev, T3, T7 y SP6, los cuales ya están incluidos en el costo del servicio. Si requieren otro primer diferente a estos el usuario deberá proporcionarlos.

Envío de Muestras

Las muestras deben enviarse con las condiciones antes mencionadas. Muestra individuales cualquier tipo de tubo, debidamente etiquetados (coincidiendo con el nombre en el formato), y perfectamente sellados, para evitar que en el envió se abran. En caso de formato en placa puede ser en cualquier tipo de placa, sellada con un tapete impermeable para evitar contaminación cruzada.
Las muestras (tubos o placas), junto con el formato de solicitud de servicio se enviarán por correo ordinario o mensajería a temperatura ambiente (a decisión del usuario) o se entregarán directamente en LabSerGen (Laboratorio de Servicios Genómicos).

Para el envío de muestras y/o primers sugerimos no enviar volúmenes menores a los 5µl porque se puede evaporar y perder la muestra.

Entrega de Resultados

  • El plazo máximo de entrega de resultados es de 7 días desde la fecha de recepción.
  • Los resultados serán enviados vía correo electrónico, archivos de texto Fasta y archivos gráficos del electroferograma. Los electroferogramas serán enviados en formato. ab1, para poder ser analizados en cualquier sistema operativo (MAC, PC, Linux...) por medio de softwares gratuitos disponibles en la WEB y compatibles al sistema operativo que utilice el usuario.

Chromas ó  FinchTV 

  • Si el usuario solicita edición, se enviaran los archivos originales y editados. Edición: Implica el rasurado del vector de clonación y solución de posibles indeterminaciones, verificación de las bases y sus calidades eliminando de la secuencia la calidad menor a 20 de los extremos. Ensamble de dos o más secuencias generadas del mismo fragmento de ADN donde se haya utilizado primers para la lectura de los extremos o entre secuencias generadas de diferentes fragmentos de ADN. El ensamble solo se puede realizar editando las secuencias.
  • Para formato de placa no se ofrece el servicio de edición.

Descarga el formatos de Solicitud del Servicio que requieres

Secuenciación Individual por Muestra

Secuenciación Individual más de una muestra

Secuenciación Formato de 96 ó 384

Contacto

  • Laura Cecilia Gutierrez

 cecilia.gutierrez@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3022, 3023, 3024, 3121

  • Clara Gutierrez

 clara.gutierrez@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3022, 3023, 3024, 3121

Secuenciación por síntesis 

La secuenciación por síntesis SBS, es una más de las tecnologías de secuenciación masiva de nueva generación que utilizan la amplificación clonal in vitro.

Los fragmentos a secuenciar son preparados con adaptadores en los extremos, para permitir que sus cadenas desnaturalizadas puedan unirse a una superficie sólida y así poder ser enriquecidas por medio de una amplificación tipo puente, generando clusters de cadenas del mismo fragmento, con el fin de amplificar la señal generada por los nucleótidos fluorescentes incorporados a la cadena en crecimiento y así puedan ser detectados por una cámara, esto durante un proceso cíclico que permite alargar las lecturas dependiendo de la plataforma seleccionada.

Aplicaciones

  • Genómica
  • Transcriptómica (RNA-Seq)
  • Epigenética (micro RNA´s, small RNA, regiones metiladas)
  • ChIP-Seq
  • Metagenómica (Shot-gun, 16S, ITS)
  • Secuenciación de Amplicones
  • Secuenciación de zonas enriquecidas para detección de enfermedades
  • Secuenciación de Exoma
  • Genotyping by Sequencing (GBS)

NEXTSEQ

Formato

No. de lecturas por Placa

Capacidad por corrida (bases)

NextSeq 75 ciclos High

±380,000,000 x 1

25,000,000,000

NextSeq 150 ciclos High (2x75 o 1x130)

±380,000,000 x 2

50,000,000,000

NextSeq 300 ciclos High (2x150 o 1x250)

±380,000,000 x 2

110,000,000,000

NextSeq 150 ciclos Mid (2x75 o 1x130)

±110,000,000 x 2

18,000,000,000

NextSeq 300 ciclos Mid (2x150 o 1x250)

±110,000,000 x 2

35,000,000,000

NextSeq 36 ciclos High TruSeqSmallRNA

±380,000,000 x 1

13,500,000,000

NextSeq 36 ciclos MID TruSeqSmallRNA

±110,000,000 x 1

3,960,000,000

MISEQ

Formato

No. de lecturas por corrida

Capacidad por corrida (bases)

MiSeq 50 Ciclos

±11,000,000 x 1

730,000,000

MiSeq 150 ciclos (2x75 o 1x130)

±20,000,000 x 2

3,100,000,000

MiSeq 300 Ciclos (2x150 o 1x250)

±11,000,000 x 2

4,300,000,000

MiSeq 500 Ciclos (2x250 o 1x450)

±11,000,000 x 2

7,200,000,000

MiSeq 600 Ciclos (2x300 o 1x550)

±20,000,000 x 2

12,500,000,000

MiSeq 300 Ciclos MICRO

±4,000,000 x 2

1,200,000,000

MiSeq 300 Ciclos NANO

±1,000,000 x 2

500,000,000

MiSeq 500 Ciclos NANO

±1,000,000 x 2

500,000,000

NOVASEQ

Formato (Incluye Accesorio XP Para poder dividir)

No. de lecturas por corrida

Capacidad por corrida (bases)

(SP)Single-reads, 100 bp

±650,000,000 x 1

65,000,000,000

(SP)Paired-reads, 2x100bp

±650,000,000 x 2

130,000,000,000

(SP)Paired-reads, 2x150bp

±650,000,000 x 2

195,000,000,000

(SP)Paired-reads, 2x250bp

±650,000,000 x 2

325,000,000,000

(S1)Single-reads, 100 bp

±1,300,000,000 x 1

130,000,000,000

(S1)Paired-reads, 2x100bp

±1,300,000,000 x 2

260,000,000,000

(S1)Paired-reads, 2x150bp

±1,300,000,000 x 2

390,000,000,000

(S2)Single-reads, 100 bp

±3,300,000,000 x 1

330,000,000,000

(S2)Paired-reads, 2x100bp

±3,300,000,000 x 2

660,000,000,000

(S2)Paired-reads, 2x150bp

±3,300,000,000 x 2

990,000,000,000

(S4)Single-reads, 35 bp

±8,000,000,000 x 1

280,000,000,000

(S4)Paired-reads, 2x100bp

±8,000,000,000 x 2

2,400,000,000,000

(S4)Paired-reads, 2x150bp

±8,000,000,000 x 2

1,600,000,000,000

Descripción del Servicio

Preparación de las bibliotecas a partir de DNA, Amplicones (y/o productos de PCR), o bien RNA (o sus variantes).

  • Amplificación clonal para la generación de cluster.
  • Corrida de secuenciación.
  • Entrega de resultados de las lecturas y sus calidades generados en archivos FASTQ y FastQC.
  • Análisis Bioinformático (opcional)

El porcentaje de bases con Q30 está promediado en base a toda la corrida y no en función a cada ciclo o lectura.

Requisitos de la Muestra

DNA genómico y/o amplicones

  • Para DNA genómico se requieren 2 μg diluido en agua, integro y limpio, a una concentración no menor de 200ng/μl ó puede enviarse la muestra liofilizada.
  • Para productos de PCR (Amplicones) se requieren 500 ng de la muestra, a una concentración no menor de 25ng/μl.
  • Para productos de PCR (Amplicones) se requieren 500 ng de la muestra, a una concentración no menor de 25ng/μl.
  • También se ofrece el servicio de generación de amplicones, favor de contactarse.
    El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 y DO 260/230 >= 1.8.
  • Incluir fotografía ó gráfica que muestre la calidad e integridad de la muestra, así como la foto de un gel.

RNA Total

  • Para hacer análisis transcriptómicos se requieren 4 μg de RNA total, integro y limpio.
  • Para análisis de micro RNA´s y RNA´s pequeños se requiere 2 μg total.
  • El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es 2.
  • Es necesario que el Valor Integral (RIN) sea mayor o igual a 8.
  • El usuario deberá proveer 1 foto del gel para verificar la Integridad de la muestra.
  • La muestra de RNA deberá entregarse en agua, congelada y a una concentración no menor de 50 ng/μl.

Nota: En caso de querer hacer análisis trancriptómicos de procariotes es necesario que el usuario envíe el RNA mensajero ó cDNA de los mensajeros.

Nota: Cualquier contaminación en la muestra se reflejará en la calidad y/o rendimiento de los resultados o bien puede inhibir las reacciones iniciales del proceso lo que no permitiría obtener la biblioteca.

Entrega de Resultados

Toda la información será enviada al cliente a través de nuestro sitio de entrega de resultados, con una clave de usuario y contraseña

Formatos

 Registro de Proyectos

Alta de Muestras

 Alta de Corrida


Secuenciación de Nanoesferas de DNA (DNA NANOBALLS SEQUENCING-DNBSEQ)

MGI Tech, una subsidiaria del Grupo del Instituto de Genómica de Beijing (BGI), lanzó una serie equipos de secuenciación de nueva generación NGS (BGI-200, BGI-500, MGISEQ-2000 y MGISEQ-T7) basadas en tecnología de secuenciación de nanobolas de ADN.

La secuenciación de nanoesferas de ADN es una tecnología de secuenciación de alto rendimiento que se utiliza para determinar la secuencia genómica completa de un organismo. El método utiliza la replicación en círculo rodante para amplificar pequeños fragmentos de ADN genómico en nanoesferas de ADN. Los nucleótidos fluorescentes se unen a nucleótidos complementarios y luego se polimerizan para anclar secuencias unidas a secuencias conocidas en la plantilla de ADN. El orden de las bases se determina a través de la fluorescencia de los nucleótidos unidos. Este método de secuenciación de ADN permite secuenciar un gran número de nanoesferas de ADN por ejecución, abatiendo costos.

La secuenciación de nanobolas de ADN implica aislar el ADN que se va a secuenciar, cortarlo en fragmentos pequeños de 100 a 350 pares de bases (pb), ligar las secuencias adaptadoras a los fragmentos y circularizar los fragmentos. Los fragmentos circulares se copian mediante replicación en círculo rodante, lo que da como resultado muchas copias monocatenarias de cada fragmento. Las copias de ADN se concatenan de la cabeza a la cola en una hebra larga y se compactan en una nanobola de ADN. Luego, las nanoesferas se adsorben en una celda de flujo de secuenciación. El color de la fluorescencia en cada posición interrogada se registra a través de una cámara de alta resolución. La bioinformática se utiliza para analizar los datos de fluorescencia y hacer una llamada base, y para mapear o cuantificar las lecturas de extremo único o emparejado de 50bp, 100bp o 150bp.

La tecnología de secuenciación de nanoesferas de ADN ofrece algunas ventajas sobre otras plataformas de secuenciación, como la erradicación de los duplicados ópticos ya que las nanoesferas de ADN permanecen en su lugar en la matriz modelada y no interfieren con las nanoesferas vecinas. Otra ventaja es el uso de ADN polimerasa Phi 29 de alta fidelidad para garantizar una amplificación precisa de la plantilla circular, minimizando errores durante la lectura.

Aplicaciones

  • Genómica
  • Transcriptómica (RNA-Seq)
  • Transcriptómica Unidireccional
  • Secuenciación de RNA´s pequeños
  • Metagenómica (Shot-gun, 16S, ITS)
  • Exomica

Equipo MGI Seq-2000

Descripción del Servicio

Preparación de las bibliotecas a partir de DNA o RNA (o sus variantes).

  • Amplificación por medio de circulo rodante
  • Corrida de secuenciación.
  • Entrega de resultados de las lecturas y sus calidades generados en archivos FASTQ y FastQC.
  • Análisis Bioinformático (a solicitud del usuario)

Requisitos de la Muestra

DNA genómico 

  • Se requieren 3 µg de material genético, integro y limpio..
  • CO 260/280 > 1.8.
  • CO 260/230 > 1.8.
  • El usuario deberá proveer 1 foto del gel para verificar la Integridad de la muestra.
    La muestra de DNA deberá entregarse en agua a una concentración > 200 ng/µl y congelada

RNA Total

  • Se requieren 3 µg de material genético, integro y limpio..
  • CO 260/280 > 1.8.
  • CO 260/230 > 1.8.
  • El usuario deberá proveer 1 foto del gel para verificar la Integridad de la muestra.
    La muestra de DNA deberá entregarse en agua a una concentración > 200 ng/µl y congelada

Nota: Cualquier contaminación en la muestra se reflejará en la calidad y/o el rendimiento de los resultados, ya que puede inhibir las reacciones iniciales del proceso hasta el punto de no permitir la generación de la biblioteca y generando una merma en los resultados.

Formatos

 Registro de Proyectos

Alta de Muestras

 Alta de Corrida

Costos y Contacto

  • María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera

 guadalupe.mireles@cinvestav.mx

 Tel: (462) 166 3024

  • Q. Beatriz Jiménez Moraila

 beatriz.jimenez@cinvestav.mx

 Tel: (462) 166 3021

La Tecnología Single Molecule Real Time Sequencing (SMRT-Seq) o Secuenciación de Moléculas Individuales en Tiempo Real, se clasifica dentro de las tecnologías de secuenciación de tercera generación y tiene la capacidad de generar lecturas largas de hasta 30,000 pb siempre y cuando el material genético cuente con los requisitos necesarios.

SMRT-Seq es una de las tecnologías con mayor impacto ya que por medio de ella se pueden obtener genomas cerrados, modificaciones de tipo 5-metil citosina y todos los tipos de modificaciones de nucleótidos, incluso detectar isoformas de genomas muy complejos.

La secuenciación con la plataforma PacBio opera dentro de un chip de silicio (celda SMRT), que contiene un gran número de pozos microscópicos llamados ZMW (zero-mode waveguides). Dentro de cada pozo, la secuenciación se realiza en modo de molécula circularizada llamada SMRTbell.

Aplicaciones

  • Genómica
  • RNASeq e Iso-Seq, generación de transcriptomas de referencia
  • Detección de variantes
  • Targeted Sequencing
  • Metagenómica de genomas completos
  • Epigenetica

Especificaciones del Equipo

PACBIO SEQUEL

Número de lecturas de alta precisión (99.99%)

El número de lecturas dependerá del tamaño del inserto y la calidad de la muestra

Bases secuenciadas por corrida

≥400,000

--

≥5Gb por celda

Descripción del Servicio

  • Re-Purificación de la muestra.
  • Generación de bibliotecas con promedio de longitud de ± 10Kb ó ± 20Kb, dependiendo de la integridad de la muestra.
  • Secuenciación a la profundidad requerida.

Requisitos de la Muestra

Para bibliotecas de ± 10 Kb:

  • Se requiere DNA de alto peso molecular que tenga un tamaño mayor a 12 Kb.
  • Es importante que a la hora de Extraer el DNA no se use UREA ya que inhibe la reacción.
  • Se requieren 25 µg totales de DNA, medidos por espectometría.
  • OC 260/280 ≥ 1.8 OC 260/230: 1.8 a 2.2

Para bibliotecas de ± 15 Kb:

  • Se requiere DNA de alto peso molecular que tenga un tamaño mayor a 20 Kb.
  • Es importante que a la hora de Extraer el DNA no se use UREA ya que inhibe la reacción.
  • Se requieren 25 µg totales de DNA, medidos por espectometría.
  • OC 260/280 ≥ 1.8 OC 260/230: 1.8 a 2.2
  • Ejemplo de DNA de alto peso molecular revisado en Chef.

Entrega de Resultados

Tiempo de entrega: La preparación de una bilioteca y la corrida de una SMRT-Cell toma aproximadamente dos semanas, dependiendo del tipo proyecto, del número de bibliotecas a preparar y de la profundidad de la secuenciación, se podrá estimar el tiempo de la entrega de los resultados.

Los formatos que genera el sistema Sequel durante la secuenciación son los archivos .bam y .bam.pbi , que se entregaran junto con el reporte del proyecto.

El Laboratorio de Servicios Genómicos cuenta con el servicio de Análisis Bioinformático, para mayor información contacte mediante el siguiente enlace Servicios de Análisis Bioinformáticos

Formatos 

Registro de Proyectos

 Alta de Muestras

Contacto

  • María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera

 guadalupe.mireles@cinvestav.mx

 Tel: (462) 166 3024

  • Q. Beatriz Jiménez Moraila

 beatriz.jimenez@cinvestav.mx

 Tel: (462) 166 3021

Fundamento y Antecedentes

El genotipado basado en secuencias (SBG), por sus siglas en ingles "Sequence Based Genotyping", incluye las técnicas para el estudio de la diversidad genética utilizando las tecnológías de Secuenciación de Nueva Generación (por sus siglas en inglés NGS, Next Generation Sequencing) que buscan la caracterización genética de los organismo en base a la generación de datos de decenas o incluso cientos de miles de marcadores moleculares, por medio de la secuencición másiva de ADN.

Se han desarrollado varias técnicas de SBG, entre las que se encuentra El Genotipado por Secuenciación GBS (Genotyping By Sequencing); tecnología de matriz de diversidad DArTseq, método desarrollado por la empresa Diversity Arrays Technology (DArT); tecnología de secuenciación de DNA asociadas a sitios de restricción RAD-Seq, por sus siglas en ingles "Restriction site Associated DNA Sequencing", pudiendo ser está de doble digestión (ddRAD-Seq), entre otros.

La secuenciación masiva puede ser aplicada a bibliotecas genómicas que consigan una reducción del genoma de los organismos y a partir de la cual se obtenga un número elevado de variantes genómicas en múltiples individuos. La reducción del genoma se consigue con estas metodologías mediante el empleo de endonucleasas de restricción, que son enzimas que reconocen un patrón específico de bases en las secuencias de ADN.

Las bibliotecas de ADN obtenidas con estas metodológias y los enfoques de genotipado por secuenciación, aprovechan las ventajas de las plataformas de secuenciación de nueva generación (NGS) para crear lecturas cortas de miles de regiones potencialmente homólogas a través de múltiples individuos, dirigiéndose a regiones genómicas adyacentes a sitios de corte de enzimas de restricción. En contraste con los datos "shotgun" del genoma completo, estos proporcionan una fuente más eficiente y económica para realizar comparaciones entre individuos de la misma especie, lo que la convierte en una herramienta popular para los análisis genéticos de poblaciones.

Las lecturas obtenidas por estas metodologías se pueden usar para la detección y genotipado del polimorfismo sin el uso de un genoma de referencia, por lo tanto, permiten la genotipificación en prácticamente cualquier organismo o especie.

Muestra los métodos de genotipado denominados ddRAD-Seq, optimizados y flexibles para el número de marcadores genéticos con diferente enfoque experimental específico para un sistema biológico determinado.

Servicio ddRAD-Seq

LabSerGen cuenta con la plataforma de Secuenciación y análisis para ddRAD-Seq, utilizando el corte dual por las enzimas de restricción 'Bgl-II' y 'Dde-I' (ddRAD-Seq), y adaptadores complementarios a la plataforma de Illumina, esta metodología está basado en la modificación al protocolo de Brant K. Peterson.

Se cuenta con las capacidades para los análisis bioinformáticos para el entendimiento e interpretación de los RAD-Seq, el cual incluye diversidad genética, arboles filogénicos y análisis de componentes, de la genética poblacional.

En caso de contar con genóma de referencia, es posible evaluar el número de lecturas, así como el tamaño de estas, realizando una simulación in silicon de los cortes de las enzímas de restricción.

La referencia de forma habitual es tomada de la Base de Datos de NCBI.

Simulación in silicon de la referencia para evaluar tamaño de las lecturas y profundidad de análisis.

Análisis Bioinformático

Nota: En caso de solicitar el servicio de análisis bioinformático, este se limita a identificar la huella genética para cada individuo (SNPs y/o suma de SNPs), comparación entre individuos, agrupamiento para identificar las poblaciones, análisis filogénico y análisis de componente para evaluar la carga genética de cada individuo o muestra.

Flujo de Trabajo

Nota: Si requiere servicio de Extracción de ADN, contacte al laboratorio, el servicio tiene un costo extra.

Cualquier análisis realizado por el Área de Bioinformática del Laboratorio de Servicios Genómicos tiene un costo adicional.

Nota: El laboratorio cuenta con los servicios de análisis bioinformático.

Nota: El laboratorio cuenta con los servicios de extracción de DNA.

Requisitos de la muestra

  1. El usuario deberá definir el número de reads requeridos, tamaño de los insertos a secuenciar, porcentaje del genoma a secuenciar, la profundidad y formato de corrida.
  2. Entregar DNA genómico de 0.5 a 1 μg, diluido en agua, integro, limpio, y a una concentración no menor de 50 ng/μl o puede enviarse la muestra liofilizada.
  3. El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es de por lo menos 1.8.
  4. Incluir fotografía o gráfica que muestre la calidad e integridad de la muestra.

Nota: Cualquier contaminación en la muestra se reflejará en la calidad y/o rendimiento de los resultados o bien puede inhibir las reacciones iniciales del proceso lo que no permitiría obtener la biblioteca.

Entrega de Resultados

Entrega de Resultados del proceso de Secuenciación:

  1. Reporte en formato PDF, indicando el proceso que se siguió con las muestras con sus respectivo Identificadores.
  2. Archivo en formato fastq. incluye las lecturas (reads) y sus calidades definidas en base al estándar de calidad Phred, con un promedio de calidad arriba de 20.

Entrega de Resultados del proceso de Análisis Bioinformático (en caso de ser solicitado):

  1. Reporte en formato PDF, el cual indica el proceso de análisis y resumen de resultados.
  2. Análisis y Filtrado de Calidad.
  3. Agrupamiento, alineación, ensamblado y formación de clusters, análisis de novo.
  4. Generación de datos de salida (archivos): .vcf, .loci, .phy, .snps, .nex, .snps.geno, .ped, .map y .fasta
  5. Análisis genómicos terciario: construcción del árbol filogenético

Formatos

Alta de Muestras RAD-Seq

Alta de Corridas RAD-Seq

Registro de Proyectos RAD-Seq

Contacto

  • Guillermo Corona Armenta

 guillermo.corona@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166 3024

  • María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera

 guadalupe.mireles@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166 3024

Bibliografía

  • Brant K. Peterson, Jesse N. Weber, Emily H. Kay, Heidi S. Fisher, and Hopi E. Hoekstra. Double Digest RADseq: An Inexpensive Method for De Novo SNP Discovery and Genotyping in Model and Non-Model Species. PLoS One. 2012; 7(5): e37135.
  • Robert J. Elshire, Jeffrey C. Glaubitz, Qi Sun, Jesse A. Poland, Ken Kawamoto, Edward S. Buckler, Sharon E. Mitchell. A Robust, Simple Genotyping-by-Sequencing (GBS) Approach for High Diversity Species. PLOS ONE 6(5): e19379.
  • Thomas F.Cooke, Curt R. Fischer, Ping Wu, Ting-Xin Jiang, Kathleen T. Xie, James Kuo, Elizabeth Doctorov, Ashley Zehnder, Chaitan Khosla, Cheng-Ming Chuong, Carlos D. Bustamante. Genetic Mapping and Biochemical Basis of Yellow Feather Pigmentation in Budgerigars. Cell. Volume 171, Issue 2, 5 October 2017, Pages 427-439.e21

Información del Servicio

Los microarreglos de Illumina son un sistema robusto que nos permite encontrar variantes en polimorfismos de nucleótidos sencillos (SNPs).Estos microarreglos son posteriormente escaneados en el sistema iScan, proporcionándonos información sobre la variabilidad genética entre poblaciones de individuos a gran escala, así como susceptibilidad a variantes causales de enfermedades.

La variedad de arreglos disponibles abren las posibilidades a una amplia gama de aplicaciones:

  • Genotipado de genomas completos
  • Microarreglos por diseño
  • Predicción genética
  • Estudio de variantes agrícolas y agronómicas
  • Estudios GWAS
  • Detección de enfermedades
  • Estudio de variantes poco comunes
  • Apoyo en procesos de control de calidad
  • Análisis Forenses

ARRAYS DISPONIBLES PLATAFORMA ILLUMINA

  • HUMANO

Infinium Core-24 KIT
Microarreglo económico para genotipado a gran escala de humanos, con capacidades de procesamiento de alto rendimiento, y la opción de agregar hasta 300,000 marcadores semi-personalizados.

Infinium CoreExome-24 KIT
Microarreglo de ADN que genera una información muy amplia de SNPs y variantes genéticas para estudios genéticos, muy utilizados para estudios de genotipado a gran escala.

Infinium Exome-24 KIT
Ofrece una cobertura excepcional de posibles variantes funcionales en el exoma que representan diversas poblaciones y un rango de condiciones comunes.

Infinium Global Screening Array-24 v1.0 Kit
Arreglo para genotipado de nueva generación para estudios géneticos a escala poblacional con una selección de variantes útiles para la investigación en medicina de precisión.

Infinium InmunoArray-24 v2 BeadChip Kit
Matriz para genotipado de nueva generación dirigido a detectar variaciones genéticas en el sistema inmunológico.

InfiniumMethylationEPIC Kit
Arreglo para análisis de perfiles de metilación con una cobertura sin precedentes de las islas CpG, genes y potenciadores. Uso para estudios de asociación de todo el epigenoma.

Infinium multi-Ethinic AMR/AFR-8 Kit
Arreglo para entender enfermedades complejas en diversas poblaciones humanas, enfocadas en poblaciones hispanas y afroamericanas.

Infinium multi-Ethinic EUR/EAS/SAS-8 Kit
Arreglo para entender enfermedades complejas en diversas poblaciones humanas, centradas en poblaciones europeas, asiáticas orientales y del sur de Asia.

Infinium multi-Ethinic Global-8 Kit
Arreglo para entender enfermedades complejas en diversas poblaciones humanas.

Infinium Omni2.5-8 Kit
Arreglo con ~ 2,5 millones de marcadores, con capacidad adicional de marcador personalizado y ofrece tasas de cobertura genómica excepcionales entre diversas poblaciones.

Infinium Omni2.5Exome-8 Kit
Cobertura exhaustiva y contenido funcional exónico para genotipificación de nueva generación, GWAS y análisis CNV.

Infinium Omni5-4Kit
Arreglo para 4 muestras, optimizada para el genotipo de todo el genoma y estudios CNV, cubre> 4.3 millones de variantes.

Infinium Omni5Exome-4 Kit
Arreglo que cubre > 4.3 millones de variantes de genoma completo con hasta 1% de frecuencia del alelo menos común (MAF), además de nuevas variantes funcionales exónicas.

Infinium OmniExpress-24 Kit
Arreglo para 24 muestras que permite poderosos estudios de asociación de todo el genoma humano (GWAS).

Infinium OmniExpressExome-8 Kit
Para descubrir nuevas asociaciones de rasgos y enfermedades con etiquetas optimizadas SNP y contenido exónico funcional.

Infinium OmniZhonHua-8 Kit
Utilizado para avanzar en el Estudio de Asociación del Genoma Completo (GWAS) de la población China. Este microarray proporciona cobertura de variación común, intermedia y rara específica a las poblaciones chinas.

Infinium OncoArray-500K BeadChip
Arreglo de alta densidad que permite investigar la predisposición y el riesgo al cáncer.

Infinium PsychArray-24 Kit
Arreglo de alta densidad para escalar los estudios genéticos enfocados a la a predisposición y riesgo psiquiátrico.

Infinium QC Array-24 Kit
Microarreglo de alto rendimiento y costo rentable para control de calidad, seguimiento Genotipado de alto rendimiento y rentable para el control de calidad, el seguimiento y aplicaciones de estratificación, incluido el biobanco.


  • CANINO

CanineHD Whole-Genome Genotyping BeadChip

Arreglo para el genotipado de cualquier raza de perro doméstico; ofrece una amplia densidad de SNP para la asociación dentro de la raza y los estudios CNV.


  • BOVINO

BovineHD DNA Analysis Kit
Conjunto genómico de genotipos bovinos, cuenta con más de 777.000 SNPs y es compatible con cualquier raza de ganado vacuno o lechero.

BovineLD Genotyping BeadChip
Arreglo para extender la selección genómica a todo el rebaño con contenido escalable a un precio económico, con el fin de entender el impacto de la genética en la producción de leche, reproducción, salud y más.

BovineSNP50 v3 DNA Analysis BeadChip
Arreglo de alta densidad para genotipado de ganado bovino útil para la caracterización genómica de los principales tipos de ganado lechero y bovino de carne. Contiene 53,714 SNP altamente informativos.


  • OVINO

OvineSNP50 DNA Analysis Kit

Arreglo con más de 54,241 sondas de SNP uniformemente espaciados para estudios de asociación del genoma en general, la selección de todo el genoma y la determinación del mérito genético.


  • PORCINO

PorcineSNP60 DNA Analysis Kit v2

Arreglo con más de 64.000 SNPs uniformemente distribuidos para el análisis de variación genética de múltiples razas porcinas.


  • CAMARÓN

Infinium ShrimpLD-24 BeadChip

Arreglo para el genotipado con gran potencial para acanzar en los programas de cría acuícola de camarón blanco del Pacífico.


  • MAÍZ

MaizeLD BeadChip Kit
Arreglo para la evaluación de variedades derivas y aplicaciones de mejoramiento de maíz. Las muestras utilizadas para el arreglo, incluyen el panel de Ley de Protección de Variedades Vegetales.

MaizeSNP50 DNA Analysis Kit
Arreglo que permite el análisis de variantes genéticas a través de líneas de maíz. Incluye más de 50.000 marcadores validados de la referencia de maíz B73.


  • PERSONALIZADO

Infinium XT
Infinium XT es una solución integral de microarrays que permite genotipado a escala de producción de hasta 50.000 variantes personalizadas de una o varias especies.

Infinium iSelect HD and HTS Custom Genotyping BeadChips
Cuestionamiento virtual para cualquier blanco y cualquier especie, con el fin de crear un arreglo de necesidades únicas para un estudio.

Aplicación puntual de los microarreglos

Descripción del Servicio

  • Cuantificación del ADN por fluorescencia.
  • Evaluación de la integridad del material proporcionado.
  • Procesamiento de muestras para el servicio de microarreglos de acuerdo con el protocolo Infinium de Illumina.
  • Escaneo de arrays en el sistema iScan de Illumina.
  • Entrega de datos crudos (tabla Excel con los SNPs identificados por muestra), más archivos filtrados .ped y .map.

En LabSerGen ofrecemos el servicio de extracción de material genético tanto de plantas como de humanos (saliva), por lo que si requiere el servicio adicional puede solicitar la información de ello.

Formatos de Solicitud del Servicio

 Solicitud para el Servicio de Genotipado

 Request for Genotyping

Contacto

Para una atención personalizada, mayor información sobre el servicio y cotización, por favor contacte con:

  • Flor María Xochitl Zamudio Hernández

 flor.zamudio@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024

 

Bacterias

Antecedentes

El gen del RNA ribosomal o la secuencia codificante del RNA ribosomal “rRNA” del 16S de ~ 1,550 pb, se encuentra en todos los organismos procariontes (bacterias y arqueobacterias), es una secuencia de DNA ampliamente utilizada en estudios filogénicos y una herramienta muy poderosa para la identificación taxonómica.

El gen 16S rRNA tiene varias regiones conservadas que son comunes a un gran número de especies bacterianas, y regiones variables, que son compartidas por menos especies. Es posible amplificar por PCR (reacción de polimerización en cadena) las regiones conservadas para una posterior identificación por secuenciación y su análisis, sin embargo, amplificar la región utilizando los cebadores universales no puede apuntar a todas las bacterias o arqueobacterias.

Utilizando la misma técnica del PCR para amplificar el gen completo 16S rRNA, secuenciando los productos y analizándolos contra las bases de datos del gen 16S, es posible identificar el género y en algunos casos la especie del microorganismo, dependiendo de la calidad de los datos ingresados en estas bases de datos disponibles, sin embargo, la identificación de los microorganismos utilizando para el análisis el gen 16S completo, es mucho más certero que analizando solo la región que se genera con los cebadores universales.

El objetivo de este servicio es que por medio de la amplificación de la mayor parte del gen 16S, con su posterior secuenciación y análisis, sea posible identificar el género de un microorganismo y tratar de identificar la especie con el mayor grado de certeza posible, considerando que esta identificación depende de la información y la calidad de las secuencias con las que cuentan las bases de datos de gen 16S rRNA.

También es muy importante considerar que para este tipo de identificación se deberá partir de un cultivo puro o una colonia única.

Descripción del Servicio

Utilizando la técnica del PCR para amplificar el gen completo 16S rRNA, con su posterior secuenciación por el método de SANGER y análisis, es posible identificar el género del microorganismo y tratar de identificar la especie con el mayor grado de certeza posible, esto último considerando que la identificación depende de la información y la calidad de las secuencias con las que cuentan las bases de datos disponibles del gen 16S rRNA.

Entrega de Resultados

  1. Toda la información será transferida al cliente de forma segura y confidencial vía electrónica o digital.
  2. Los datos que serán entregados incluyen:
    • Reporte de Resultados de los análisis solicitados.
    • Electroferogramas editados Forward y Revers de cada una de las muestras en formato.ab1.
    • Archivos FASTA generados a partir de los electroferogramas.
    • Archivo de ensamblado en formato txt por muestra.
  3. Es importante mencionar que, para la identificación, es posible lograr identificar la especie, pero esto dependerá de la información contenida en las bases de datos.
  4. El usuario tiene 3 meses posteriores a la entrega del reporte para recoger sus muestras y descargar sus datos, el laboratorio no se hace responsable de almacenarlos después de ese tiempo.

Los resultados serán entregados por el área de bioinformática a cargo de:

Guillermo Corona Armenta

 guillermo.corona@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166 3024

 

Archivos Entregables

Archivo

Descripción

reporte_resultados.pdf   

Identificación a nivel género y *especie.

archivo.AB1

Secuencia de dato en formato de electroferograma.

archivo.fasta

Secuencia de dato editado en formato fasta.

ensamblado.txt

Secuencia de dato ensamblado en formato txt

*Depende de la calidad de la secuencia que se encuentra en la Base de Datos

 

Ejemplo de Identificación

  Nombre de la Muestra. 

Descripción

  % de Cobertura 

  % de Identidad  

  Longitud. 

Muestra

Alcaligenes faecalis

99.00 %

97,38%

1,498nt

 

Electroferograma

Requerimientos de la Muestra

  • Partiendo de DNA genómico.
  • Las muestras de DNA genómico deberán de ser entregadas en tubos eppendorf a una concentración de 50 ng/ul en 10 ul, en agua libre de nucleasas, no usar agua de DEPC a una relación 260/230 y 260/280 de 1.8 a 2.0.
  • No entregar menos de 300 ng totales del DNA genómico.
  • Se requiere de una fotografía de la integridad de cada una de las muestras como la cantidad de material que se entrega al laboratorio de Servicios genómicos.
  • Las muestras deben estar perfectamente rotuladas de una manera legible e indeleble, el ID proporcionado será utilizado para la entrega de resultados.
  • El laboratorio de Servicios genómicos no se hace responsable del empleo de muestras degradadas.
  • Por ningún motivo serán recibidos las muestras si el usuario no entrega la hoja del Servicio de Identificación de Bacterias previamente llena y con la firma del responsable del proyecto.
  • Incluyendo servicio de extracción de DNA genómico
  • Requerimientos de extracción de DNA total de Bacterias

Formatos de Solicitud

 SOLICITUD DE SERVICIO PARA ID DE BACTERIAS (DNA genómico)

Contacto

  • Flor María Xochitl Zamudio Hernández

 flor.zamudio@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024

  • Guillermo Corona Armenta

 guillermo.corona@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166 3024


Hongos

Antecedentes

La región espaciadora interna transcrita, ITS por sus siglas en inglés (Internal Transcribed Spacer), se encuentra entre los genes del 18S rRNA, 5.8S rRNA y 28S, de hongos y otros eucariontes, y tiene un alto grado de variación en su secuencia, la cual es ampliamente utilizada para analizar la diversidad genética e identificación taxonómica.

Los estudios taxonómicos de hongos y otros eucariontes a menudo se basan en el grupo de genes nucleares ribosómicos, que incluye el 18S o una subunidad pequeña (SSU), subunidad 5.8S y genes de 28S rRNA o subunidad grande (LSU). Se ha encontrado que las secuencias entre el 18S-5.8S (ITS1) y la secuencia entre el 5.8S-28S (ITS2) son los marcadores más adecuados para el análisis filogenético y taxonómicos de hongos y otros acariotes, debido a sus secuencias variables.

El uso de la PCR para amplificar la región ITS1 e ITS2 a través de un solo producto de PCR (es una herramienta de amplio rango para la identificación de hongos y otros eucariontes), se pueden identificar por análisis de secuencia de nucleótidos el producto de PCR, seguido de la comparación de esta secuencia con secuencias conocidas y almacenadas en una base de datos.

Una de las dificultades que se presentan es el uso de la base de datos para la identificación a nivel de especie, esto debido a la falta de depuración de las secuencias, a la ambigüedad que pueden presentar estas secuencias y a la baja calidad de las secuencias ingresadas en estas bases de datos.

El objetivo de este servicio es cubrir la región ITS1 e ITS2, es cual será utilizado para la identificación del género y especie, en algunos casos se podrá identificar la especie con cierto grado de certeza, considerando que esta identificación depende de la información y la calidad que cuentan las bases de datos de la región ITS1 e ITS2.

También es muy importante considerar que para este tipo de identificación se deberá partir de un individuo, cultivo puro o colonia única, lo que estamos intentando asegurar es la identificación de la especie con esta metodología.

Descripción del Servicio

Utilizando la técnica del PCR para amplificar la región ITS1 e ITS2, con su posterior secuenciación por el método de SANGER y análisis, es posible identificar el género del hongo y tratar de identificar la especie con el mayor grado de certeza posible, esto último considerando que la identificación depende de la información y la calidad de las secuencias con las que cuentan las bases de datos de la región ITS1 e ITS2 disponibles.

Flujo de Trabajo

Electroferograma

Entrega de resultados 

 

  1. Toda la información será transferida al cliente de forma segura y confidencial vía electrónica o digital.
  2. Los datos que serán entregados incluyen:
    • Reporte de Resultados de los análisis solicitados.
    • Electroferogramas editados Forward y Revers de cada una de las muestras en formato.ab1
    • Archivos FASTA generados a partir de los electroferogramas.
    • Archivo de ensamblado en formato txt por muestra.
  3. Es importante mencionar que, para la identificación, es posible lograr identificar la especie, pero esto dependerá de la información contenida en las bases de datos.
  4. El usuario tiene 3 meses posteriores a la entrega del reporte para recoger sus muestras y descargar sus datos, el laboratorio no se hace responsable de almacenarlos después de ese tiempo.

Archivos entregables

Identidad

 Nombre Muestra  

 Reference Description

 Longitud. 

  Similitud %. 

  Sobreposición %  

1  

muestra

 Trichoderma inhamatum 

528

99.43

100

Archivos entregables

Archivo

 Descripción

reporte_resultados.pdf.  

  Identificación a nivel género y *especie.

archivo.AB1

  Secuencia de dato en formato de electroferograma.

archivo.fasta

  Secuencia de dato editado en formato fasta.

ensamblado.txt

  Secuencia de dato ensamblado en formato txt

*Depende de la calidad de la secuencia que se encuentra en la Base de Datos

Los resultados serán entregados por el área de bioinformática a cargo de:

Guillermo Corona Armenta

 guillermo.corona@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166 3024

 

Requerimientos de la Muestra

  • Partiendo de DNA genómico.
  • Las muestras de DNA genómico deberán de ser entregadas en tubos eppendorf a una concentración de 50 ng/ul en 10 ul, en agua libre de nucleasas, no usar agua de DEPC a una relación 260/230 y 260/280 de 1.8 a 2.0.
  • No entregar menos de 300 ng totales del DNA genómico.
  • Se requiere de una fotografía de la integridad de cada una de las muestras como la cantidad de material que se entrega al laboratorio de Servicios genómicos.
  • Las muestras deben estar perfectamente rotuladas de una manera legible e indeleble, el ID proporcionado será utilizado para la entrega de resultados.
  • El laboratorio de Servicios genómicos no se hace responsable del empleo de muestras degradadas.
  • Por ningún motivo serán recibidos las muestras si el usuario no entrega la hoja del Servicio de Identificación de Bacterias previamente llena y con la firma del responsable del proyecto.
  • Incluyendo servicio de extracción de DNA genómico
  • Requerimientos de extracción de DNA total de Hongos

Formatos de Solicitud

SOLICITUD DE SERVICIO PARA ID DE HONGOS (DNA genómico)

Contacto

  • Flor María Xochitl Zamudio Hernández

 flor.zamudio@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024

  • Guillermo Corona Armenta

 guillermo.corona@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166 3024

La PCR cuantitativa es una variante de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) utilizada para amplificar y cuantificar simultáneamente de forma absoluta el producto de la amplificación (segmentos de ADN, comúnmente llamado amplicón). La medición es por ciclo, por lo que se le denomina PCR en tiempo real. La PCR cuantitativa (qPCR) se hace posible gracias a que el amplicón es marcado con un fluoróforo que tras ser excitado a cierta longitud de onda es detectado por los sensores del termociclador, lo que permite cuantificar la fluorescencia emitida.

Información del Servicio

Estrategias de cuantificación:

  • Cuantificación Absoluta: Determina el número exacto de moléculas de ADN (qPCR) ó ARN (qRT-PCR) presentes en una muestra determinada.
  • Cuantificación Relativa: No es necesario saber la cantidad precisa de la secuencia de interés, para poder hacer su cuantificación.

Especificaciones del Servicio

  • Generación del cDNA.
  • Prueba de oligos.
  • Generación de la curva estandar por gen a evaluar.
  • Reacciones de PCR Tiempo Real.
  • Análisis de la expresión diferencial.

Requerimientos de la Muestra

  • Se requieren al menos de 30-40ug de ARN total para cada una de las condiciones a evaluar.
  • Las muestras de ARN deberán entregarse liofilizadas o en agua.
  • El cliente deberá proveer información del cociente D.O. 260/280 y D.O. 230/260, obtenido al momento de la cuantificación de las muestras, este, en ambos casos deberá ser ≥ 2.0.

Recomendaciones para la purificación y extracción del ARN

Se recomienda a los usuarios que la extracción del ARN se lleve a cabo mediante Fenol ácido, y el ARN extraído sea sometido a un paso de purificación posterior haciendo uso de columnas de sílica gel.

El laboratorio de Servicios Genómicos también cuenta con el servicio de extracción de RNA.

Cuantificación

Se sugiere que la cuantificación sea realizada por espectrometría o fluorometría, con la idea de lograr una medición lo más exacta posible. El cliente deberá proveer información del cociente D.O. 260/280 y D.O. 230/260, obtenido al momento de la cuantificación de las muestras, este, en ambos casos deberá ser ≥ 2.0.

Requerimientos para los OligoNucleótidos (iniciadores)

El grado de pureza recomendado para los mismos es HPLC, sin embargo, en la mayoría de los casos, oligonucleótidos únicamente desalados pueden emplearse sin problema alguno. Junto con las muestras y los oligonucleótidos, se debe entregar el formato de solicitud de servicio.

Envío de Muestras

Las muestras deben enviarse con las condiciones antes mencionadas. Muestra individuales cualquier tipo de tubo, debidamente etiquetados (coincidiendo con el nombre en el formato), y perfectamente sellados, para evitar que en el envió se abran.

Entrega de Resultados

Los resultados generados serán enviados al cliente a través de correo electrónico en un archivo Excel, los datos entregados incluyen:

  • Las imágenes correspondientes a la curva de disociación y la Tm para cada uno de los amplicones.
  • Los rangos dinámico establecidos que garantizan la eficiencia de la reacción de PCR.
  • En análisis de expresión diferencial relativo al tratamiento seleccionado como calibrador.

Formatos de Solicitud del Servicio

Solicitud de Secuenciación Individual por Muestra

Contacto

Para mayor información sobre el servicio y cotización, por favor comunicarse a:

  • Laura Cecilia Gutiérrez López

 cecilia.gutierrez@cinvestav.mx

 Tel: (462) 166 3024 ,166 3022, 166 3023, 166 3021

DNA total de plantas

Información del Servicio

En el laboratorio de Servicios Genómicos se realizan extracciones de DNA Nuclear de plantas, para usuarios interesados en secuenciar material genético diploide (madre-padre), teniendo una cobertura mayor (exones-intrones) en las secuencias finalmente obtenidas y descartando así una tasa alta de mutación a la que se presenta en DNA mitocondrial y cloroplastos. El material genético obtenido es recomendable emplearlo para la secuenciación mediante la plataforma de PACBio.

Descripción del Servicio

  • Aislamiento de los núcleos del tejido de interés.
  • Purificación de los núcleos mediante gradientes y verificación de la integridad.
  • Extracción de DNA a partir de los núcleos.
  • Cuantificación por espectrofotometría y verificación de la integridad en gel de agarosa en gel de campos pulsados.
  • Si el usuario lo solicita, verificación de la integridad del material extraído en gel de campos pulsados,tendrá un costo extra.

Entrega de Resultados

Se entregará un reporte con la cuantificación por espectrofotometría y fluorescencia junto con la fotografía de la integridad de cada muestra en un gel de campos pulsados.

Las muestras estarán almacenadas a -20 °C por 30 días, el usuario puede recogerlas o bien, si decide que se le envíen de regreso por paquetería, se le incluirá el costo en la cotización expedida.

Formatos de Solicitud y Costos

 Solicitud del Servicio de Extracción de DNA Nuclear de Plantas

Contacto

Para una atención personalizada, mayor información sobre el servicio y cotización, por favor contacte con:

  • Flor María Xochitl Zamudio Hernández

 flor.zamudio@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024


Extracción de DNA nuclear de plantas

Información del Servicio

En el laboratorio de Servicios Genómicos se realizan extracciones de DNA Nuclear de plantas, para usuarios interesados en secuenciar material genético diploide (madre-padre), teniendo una cobertura mayor (exones-intrones) en las secuencias finalmente obtenidas y descartando así una tasa alta de mutación a la que se presenta en DNA mitocondrial y cloroplastos. El material genético obtenido es recomendable emplearlo para la secuenciación mediante la plataforma de PACBio.

Descripción del Servicio

  • Aislamiento de los núcleos del tejido de interés.
  • Purificación de los núcleos mediante gradientes y verificación de la integridad.
  • Extracción de DNA a partir de los núcleos.
  • Cuantificación por espectrofotometría y verificación de la integridad en gel de agarosa en gel de campos pulsados.
  • Si el usuario lo solicita, verificación de la integridad del material extraído en gel de campos pulsados,tendrá un costo extra.

Entrega de Resultados

Se entregará un reporte con la cuantificación por espectrofotometría y fluorescencia junto con la fotografía de la integridad de cada muestra en un gel de campos pulsados.

Las muestras estarán almacenadas a -20 °C por 30 días, el usuario puede recogerlas o bien, si decide que se le envíen de regreso por paquetería, se le incluirá el costo en la cotización expedida.

Formatos de Solicitud y Costos

Solicitud del Servicio de Extracción de DNA Nuclear de Plantas

Contacto

Para una atención personalizada, mayor información sobre el servicio y cotización, por favor contacte con:

Flor María Xochitl Zamudio Hernández

 flor.zamudio@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024


Información del Servicio

Ofrecemos el servicio de extracción de RNA total de plantas, hongos y algunos coleópteros y dípteros, para usuarios interesados hacer análisis transcriptómicos, secuenciación con plataformas de Illumina y/o análisis de expresión génica en PCR tiempo real.

Descripción del Servicio

  • Extracción de RNA a partir de tejido congelado y pulverizado.
  • Cuantificación por espectrofotometría y verificación de la integridad en gel de agarosa al 1%.

Entrega de Resultados

Se entregará un reporte con la cuantificación por espectrofotometría del RNA extraído junto con la fotografía de la integridad de cada muestra.

Las muestras estarán almacenadas a -20 °C por 30 días, el usuario puede recogerlas o bien, si decide que se le envíen de regreso por paquetería, se le incluirá el costo en la cotización expedida.

Formatos de Solicitud y Costos

Solicitud del Servicio de Extracción de RNA Total

Contacto

Para una atención personalizada, mayor información sobre el servicio y cotización, por favor contacte con :

  • Flor María Xochitl Zamudio Hernández

 flor.zamudio@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024


DNA genómico humano

Información del Servicio

Tenemos implementado el servicio de extracción de DNA genómico a partir de saliva en donde el cliente puede enviar muestras en kits de colección ORAGENE-DNA, SPECTRUM y swabs COPAN. El material extraído puede emplearse para plataformas NSG incluyendo genotipado de individuos mediante Gene Titan e Illumina.

Descripción del Servicio

  • Extracción del DNA genómico empleando el método correspondiente al tubo de colección con el que las muestras son recibidas.
  • Cuantificación por espectrofotometría (NanoDrop 2100) del DNA extraído.
  • Verificación de la integridad del material extraído en gel de agarosa al 1%.

Entrega de Resultados

Se entregará un reporte con la cuantificación por espectrofotometría del DNA genómico extraído junto con la fotografía de la integridad de cada muestra.

Las muestras estarán almacenadas a -20 °C por 30 días, el usuario puede recogerlas o bien, si decide que se le envíen de regreso por paquetería, se le incluirá el costo en la cotización expedida.

Formatos de Solicitud y Costos

 Solicitud del Servicio de Extracción de DNA Genómico a partir de Saliva de Humano

 Solicitud del Servicio de Extracción de DNA Genómico a partir de Saliva de Humano

Contacto

Para una atención personalizada, mayor información sobre el servicio y cotización, por favor contacte con :

  • Flor María Xochitl Zamudio Hernández

 flor.zamudio@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126,3024


Extracción DNA genómico de hongos y bacterias

Información del Servicio

Servicio de extracción de DNA genómico de plantas, hongos y bacterias (éstos dos últimos fitopatógenos); además de ofrecer la identificación por la técnica de secuenciación por SANGER para hongos y bacterias

Descripción del Servicio

  • Extracción del DNA genómico a partir de micelio ó células según sea el caso.
  • Cuantificación por espectrofotometría y verificación de la integridad en gel de agarosa al 1%.
  • Amplificación de la zona ITS en el caso de hongos y 16S en el caso de bacterias.
  • Secuenciación bidireccional del amplicón.
  • Identificación del organismo hasta género.

Entrega de Resultados

Se entregará un reporte con la cuantificación por espectrofotometría del DNA genómico extraído junto con la fotografía de la integridad de cada muestra antes de ser secuenciado.

El reporte del resultado de la identificación del microorganismo.

Las muestras estarán almacenadas a -20 °C por 30 días, el usuario puede recogerlas o bien, si decide que se le envíen de regreso por paquetería, se le incluirá el costo en la cotización expedida.

Formatos de Solicitud

 Solicitud del Servicio de Extracción de DNA Genómico

 Solicitud del Servicio para Identificación de Cepas

Contacto

Para una atención personalizada, mayor información sobre el servicio y cotización, por favor contacte con:

Flor María Xochitl Zamudio Hernández

 flor.zamudio@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024

La Bioinformática pertenece al campo de las ciencias computacionales que utiliza programas y herramientas de software para el análisis de datos masivos combinando biología, Química, Física, Ciencias de la computación, Matemáticas y Estadística para analizar e interpretar datos de origen Biológico.

Esta disciplina nos permite recopilar, manejar, almacenar y analizar los datos biológicos, desde los derivados de la secuenciación de nueva generación (NGS, por sus siglas en inglés), proteómica, metabolómica, hasta los datos de imagen o clínicos, por mencionar algunos.

En el área de análisis de LABSERGEN utilizamos las herramientas bioinformáticas para el análisis de datos generados principalmente por Secuenciación de Nueva Generación.

  • Secuencias de genomas
  • Secuenciación de transcriptomas
  • Genotipado de poblaciones

SERVICIOS DISPONIBLES

  • Secuenciación capilar
    • Análisis de Secuencias AB1
    • Análisis de calidad y limpieza de las lecturas
    • Ensamblado de secuencias
    • Identificación taxonómica de lecturas 16S, ITS, etc
  • Pre-procesamiento de lecturas crudas
    • Análisis de calidad, filtrado y limpieza de lecturas
    • Cambio de formato a partir de archivos en formato .fastq
  • Genómica
    • Análisis de calidad, filtrado y limpieza de lecturas
    • Ensamblado
    • Anotación
    • Mapeo
    • Alineamiento de genomas
    • Llamado de variantes
  • Transcriptómica
    • Análisis de calidad, filtrado y limpieza de lecturas
    • Ensamblado de transcriptomas
    • Anotación de transcritos
    • Mapeo a transcriptoma
    • Cambio de formato a partir de archivos en formato .fastq
    • Asociación de lecturas a genes
    • Análisis de Expresión Diferencial
  • Metagenómica
    • Análisis de calidad, filtrado y limpieza de lecturas
    • Análisis de secuencias 16S
    • Análisis de secuencias ITS
    • Mapeo a transcriptoma
    • Análisis de secuencias 28S
    • Análisis BLAST metagenómicos
    • Clasificación taxonómica
    • Análisis de diversidad Biológica
  • Metatranscriptómica
    • Análisis de calidad, filtrado y limpieza de lecturas
    • Clasificación taxonómica
    • Ensamblado
    • Anotación génica
    • Mapeo
    • Asociación de cuentas a genes conocidos

DESCRIPCIÓN DEL SERVICIO

El servicio consiste en ordenamiento y procesamiento de datos generados por plataformas de secuenciación capilar, plataformas de nueva generación y plataformas de tercera generación, de tal manera que el usuario pueda darle un significado biológico a estos datos.

SOLICITUD DE SERVICIO

La solicitud del servicio se realiza contactando a nuestro equipo de especialistas, nuestros especialistas darán asesoría y orientación sobre el tipo de exploración requerido, posteriormente nuestro equipo emitirá una opinión lo mas cercano a sus necesidades y se entregara una cotización con la formalidad del caso.

Con la firma de aceptación de la cotización, por el usuario, se procede a realizar el servicio solicitado.

ENTREGA DE RESULTADOS

  • El tiempo de entrega de resultados, dependerá del tipo y complejidad del análisis solicitado.
  • El usuario podrá descargar sus datos, desde la nube del Labsergen.
  • Se entrega un reporte en PDF de los análisis realizados.
  • Se entrega un conjunto de archivos con los análisis realizados a solicitud del usuario.

PRECIOS

Para consultas o en caso de requerir algún servicio que no se encuentre listado en esta página, contactar a nuestros especialistas.

CONTACTO

Los costos dependerán del tipo de servicio y del número de muestras a procesar, según lo requerimientos del interesado.

  • Guillermo Corona Armenta

 guillermo.corona@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3024

  • Karina Atriztán Hernández

 karina.atriztan@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3024

  • Jacob Israel Cervantes Luevano

 jacob.cervantes@cinvestav.mx

 Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3024

Cotización y Facturación

Ana Lucia Rodríguez Heredia

lucia.rodriguez@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3022


Secuenciación Capilar

  • Clara Gutiérrez López

seccapilar.langebio@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3024, Tel: (462) 166 3000 Ext.: 3124


Secuenciación de Nueva Generación

  • María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera

guadalupe.mireles@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3024


Servicio de Genotipado y Extracción de Material Genético

  • Flor María Xochitl Zamudio Hernández

flor.zamudio@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3024


PCR en Tiempo real

  • Laura Cecilia Gutiérrez López

cecilia.gutierrez@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3000 Ext.: 3134


Análisis Bioinformáticos

  • Guillermo Corona Armenta

guillermo.corona@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3024


Análisis Bioinformáticos

  • Karina Atriztán Hernández

karina.atriztan@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3000 Ext.:3167


Servicios Informáticos

  • Jacob Israel Cervantes Luevano

jacob.cervantes@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3000 Ext.:3167


Coordinador de los Servicios Genómicos

  • Q. Beatriz Jiménez Moraila

beatriz.jimenez@cinvestav.mx

Tel: (462) 166 3021


Profesor Responsable

  • Dr. Alfredo Herrera Estrella
 

Infraestructura

  • Secuenciador NextSeq, marca Illumina
  • Secuenciador MiSeq, marca Illumina
  • Secuenciador Sequel, marca PacBio
  • Secuenciadores capilares 3730xl, marca ABI-Thermo
  • Secuenciador capilar SeqStudio, marca Thermo
  • Scaner para microarreglos iScan, marca Illumina
  • Termocicladores para PCR Tiempo Real, 7500 y 7500 Fast, marca ABI-Thermo
  • Equipos Bioanalizadores, Bioanalyzer 2100, marca Agilent
  • Robot para manejo de líquidos Biomek FX doble brazo, marca Beckman
  • Pippin Prep, marca Sage Science
  • Blue Pippin, marca Sage Science 

Localización

UGA-Langebio, Cinvestav
Tel. 01 (462) 166 3000
Km 9.6 Libramiento Norte Carretera León
C.P. 36821 Irapuato, Guanajuato, México

 


 


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