El Departamento de Infectómica y Patogénesis Molecular tiene sus raíces en la Sección de Patología Experimental, establecida en 1980 dentro del Departamento de Biología Celular, bajo la dirección del doctor Saúl Villa Treviño. Esta Sección se transformó en el Departamento de Patología Experimental en mayo de 1990, siendo el doctor Adolfo Martínez Palomo su primer jefe. Después, en 2010, debido a las nuevas líneas de investigación y el uso de metodologías avanzadas, el Departamento cambió su nombre a de Infectómica y Patogénesis Molecular.