1er Concurso de secuenciación de genomas bacterianos
LabSerGen
La Unidad de Genómica Avanzada del Cinvestav a través de su Laboratorio de Servicios Genómicos (LabSerGen), en colaboración con las empresas Biosystems Corp y Oxford Nanopore Technologies.
CONVOCA
A investigadores y estudiantes de Instituciones públicas Nacionales a presentar propuestas encaminadas a la secuenciación de genomas bacterianos de interés Nacional
Descripción de la convocatoria
En el marco de la celebración de los 20 años de la creación de la Unidad de Genómica Avanzada, el Laboratorio de Servicios Genómicos (LabSerGen) en colaboración con las empresas Biosystems Corp y Oxford Nanopore Technologies, convocan a los Investigadores y estudiantes que realicen trabajos relacionados a la Genómica Bacteriana a participar en el “1er Concurso de secuenciación de genomas bacterianos, utilizando la plataforma Oxford nanopore technologies.
Se seleccionarán 12 proyectos que demuestren tener un impacto en la generación de conocimientos en el área de la genómica bacteriana del país. Los 12 proyectos seleccionados podrán secuenciar 1 genoma de hasta 7 MB de tamaño usando el enfoque de lecturas largas de la secuenciación por nanoporos para obtener una cobertura de hasta 100X en una flowcell MinION. Además, aprenderán las bases para el análisis bioinformático de datos provenientes de la plataforma de Oxford Nanopore, enfocado al ensamble de genomas.
Objetivo
Contribuir a la generación de conocimientos Genómicos en México
Lugar y sede: Unidad de Genómica Avanzada, Cinvestav. Irapuato Gto.
Lanzamiento de la convocatoria: 5 de noviembre
Periodo de aplicación: 5 de noviembre al 29 de noviembre del 2024
Fechas importantes
- 6 de diciembre del 2024: Publicación de resultados
- 16 de diciembre del 2024: Sesión Informativa para los ganadores (virtual). 11-13 pm.
- 18 de diciembre del 2024. Sesión teórica sobre las tecnologías de Oxford Nanopore. Plática abierta al público 10:00 am-12:00 pm y 13:00-15:00
- 13 al 31 de enero 2025: Envío de las muestras de ADN a las instalaciones de LabSerGen.
- 10 febrero del 2025: Pláticas Teóricas, preparación de bibliotecas y secuenciación (presencial)
- 11 de febrero del 2025: Taller de Herramientas Bioinformáticas básicas para el ensamble de Genomas bacterianos (presencial).
Semana del 17-21 de febrero: Entrega de las secuencias crudas por parte de LabSerGen.
Bases
Para poder aplicar a la convocatoria las personas participantes deberán:
1. Enviar un resumen al correo: ugalabsergen@gmail.com con la descripción del proyecto, las propuestas deberán cumplir las siguientes especificaciones:
- Nombre del proyecto
- Responsable del Proyecto
- Autores
- Correo electrónico del responsable del proyecto
- Nombre de la Institución
- Resumen a un máximo de 500 palabras, describiendo la importancia e impacto de su propuesta.
2. Contar con las muestras de ADN listas para enviar cumpliendo con los requisitos de calidad para la plataforma Oxford nanopore: cocientes 260/280 y 230/260 en un rango de 1.8 a 2.0. y una concentración total de 500 ng, además de demostrar la integridad del material genético mediante la fotografía de un gel de agarosa para DNA de alto peso molecular.
*Se recomienda hacer la extracción de ADN con los kits:
- QIAGEN PowerBead Tube
- Promega Maxwell® RSC PureFood Pathogen kit
- NEB Monarch Genomic DNA Purification Kit
En los siguientes enlaces, encontrará algunos protocolos de extracción validados, especialmente útiles para microorganismos complicados.
Universal bead-beating method: For high throughput requirements and universal applications.
Manual column-based methods: For bacteria.
3. Para el taller de bioinformática los participantes seleccionados deberán traer su propia computadora.
Costos
El costo por muestra será de: $ 2000.00 M. N + IVA.
El costo incluye: análisis de calidad de la muestra, preparación de bibliotecas, secuenciación, taller de Bioinformática y una comida los días de actividades presenciales.
Los costos de viáticos adicionales (transportación y en su caso hospedaje) deberán ser cubiertos por las personas seleccionadas que asistan al taller.
Productos
Como resultado del taller, los proyectos seleccionados tendrán las lecturas crudas de cada muestra y las bases bioinformáticas para ensamblar genomas bacterianos.
Se entregará una constancia de participación por proyecto seleccionado.
Comité Organizador
- Dr. Luis Alfredo Cruz Ramírez, Secretario Académico de las Unidades Irapuato y Genómica Avanzada
- Dr. Alfredo Heriberto Herrera Estrella, Profesor responsable del Laboratorio de Servicios Genómicos
- Dra. Karina Atriztán Hernández, Coordinadora del Laboratorio de Servicios Genómicos
Preguntas Frecuentes
Para mayores informes, favor de comunicarse con:
Dra. Karina Atriztán Hernández karina.atriztan@cinvestav.mx
Importante: Solo si su pregunta no está en el enlace de preguntas frecuentes, escribir al correo mencionado, poniendo como asunto del correo: Pregunta_Nanopore