El Cinvestav Mérida es una de las instituciones científicas de mayor renombre en la península de Yucatán, ya que mantiene una alta calidad en los programas de maestría y de doctorado que ofrece, todos reconocidos nacional e internacionalmente, y una elevada productividad científica.
Actualmente, la planta académica está conformada por 60 investigadores e investigadoras que llevan a cabo trabajo científico en los campos de la ecología humana, la física y las ciencias del mar.
Desde su fundación, el Cinvestav Mérida tuvo el objetivo de atender los problemas de la región, esta es una misión que sigue siendo la guía, por lo cual se realizan estudios relacionados con la energía solar, el conocimiento y uso racional de los recursos naturales y el aprendizaje de las formas de apropiación del conocimiento de la naturaleza por parte de las comunidades autóctonas.
De esta manera se abordan problemas como la obtención de productos derivados del sargazo, el desarrollo de celdas solares de última generación y la atención a enfermedades olvidadas como la tuberculosis, la lepra y la enfermedad de Chagas, entre otros. Además, se ofrecen servicios a la industria nacional terrestre y el sector hidrocarburos.
Una muestra de la calidad de investigación y la formación a nivel posgrado que se ofrece, son las distinciones recibidas en el último año. Es el caso de los premios Dr. Alonso Fernández 2023 a la mejor tesis de doctorado en Ciencias en Fisicoquímica, el Premio Habana 2024, el Premio Estatal de Tesis Yucatán 2024, Nivel Doctorado, en Biodiversidad y Medio Ambiente y mención honorífica de este mismo reconocimiento a nivel posgrado en Biología y Química.
El Cinvestav Mérida tiene una comunidad científica que busca ejercer los más altos estándares de calidad científica en sus investigaciones y en la formación de recursos humanos.