1er Concurso de secuenciación metagenómica 16S y taller de análisis bioinformático de datos Metagenómicos

LabSerGen

 CONVOCATORIA 

1er Concurso de secuenciación metagenómica 16S y taller de análisis bioinformático de datos Metagenómicos 

El Laboratorio de Servicios Genómicos de la Unidad de Genómica Avanzada del Cinvestav, en colaboración con las empresas Abalat e Ilumina. 

CONVOCA 

A investigadores y estudiantes de Instituciones públicas Nacionales a presentar propuestas encaminadas a la generación de conocimiento de la diversidad bacteriana de impacto Nacional. 

Descripción de la convocatoria: 

En el marco de la celebración de los 20 años de la creación de la Unidad de Genómica Avanzada (UGA), el Laboratorio de Servicios Genómicos (LabSerGen) en colaboración con las empresas Abalat e Ilumina, convocan a los Investigadores y estudiantes que realicen trabajos con enfoque metagenómico a participar en el “1er Concurso de secuenciación metagenómica 16S y taller de análisis bioinformáticos de datos metagenómicos”, utilizando la plataforma Illumina-MiSeq. 

Se seleccionarán 12 proyectos que demuestren tener un impacto en la generación de conocimientos sobre la diversidad de comunidades bacterianas del país. Los 12 proyectos seleccionados podrán secuenciar hasta 8 muestras en un formato 2X300 con un rendimiento de 100,000 lecturas pareadas por muestra. Además, aprenderán las bases para el análisis bioinformático de datos metagenómicos. 

Objetivo: 

Contribuir a la generación de conocimiento sobre la diversidad de comunidades bacterianas ambientales en México 

Sede: Unidad de Genómica Avanzada, Cinvestav. Irapuato Gto. 

Lanzamiento de la convocatoria: 14 de agosto 

Periodo de aplicación: 14 de agosto al 13 de septiembre del 2024 

Fechas importantes: 

17 de septiembre del 2024: Publicación de resultados. 

20 de septiembre del 2024: Sesión Informativa (virtual). 

30 de septiembre al 5 de octubre: Envío de las muestras de ADN a las instalaciones de LabSerGen. 

10 de octubre del 2024: Pláticas Teóricas y preparación de bibliotecas (presencial) 

11 de octubre del 2024: Taller de Herramientas Bioinformáticas básicas (presencial). 

15 de octubre del 2024: Entrega de las secuencias crudas por parte de LabSerGen. 

Bases: 

Para poder aplicar a la convocatoria las personas participantes deberán: 

1. Enviar un resumen al correo: ugalabsergen@gmail.com con la descripción del proyecto, las propuestas deberán cumplir las siguientes especificaciones: 

• Nombre del proyecto: 

• Responsable del Proyecto: 

• Correo electrónico del responsable del proyecto: 

• Nombre de la Institución: 

• Resumen a un máximo de 250 palabras, describiendo la importancia e impacto de su Investigación. 

2. Contar con las muestras de ADN listas para enviar cumpliendo con los requisitos de calidad para la plataforma Ilumina: cocientes 260/280 y 230/260 en un rango de 1.8 a 2.0. y una concentración total de 500 ng, además de demostrar la integridad del material genético mediante la fotografía de un gel de agarosa. 

3. Para el taller de bioinformática los participantes seleccionados deberán traer su propia computadora. 

Costos: 

El costo por muestra será de: $1311.35 M.N (IVA incluido). 

El costo incluye: análisis de calidad de la muestra, preparación de bibliotecas, secuenciación, taller de Bioinformática y una comida los días de actividades presenciales. Los costos de viáticos adicionales (transportación y en su caso hospedaje) deberán ser cubiertos por las personas seleccionadas que asistan al taller. 

Productos: 

Como resultado del taller, los proyectos seleccionados tendrán las lecturas crudas de cada muestra y las bases bioinformáticas para analizar los datos metagenómicos. 

Se entregará una constancia de participación por proyecto seleccionado. 

Comité Organizador: 

• Dr. Luis Alfredo Cruz Ramírez, Secretario Académico de las Unidades Irapuato y Genómica Avanzada 
• Dr. Alfredo Heriberto Herrera Estrella, Responsable del Laboratorio de Servicios Genómicos 
• Dra. Karina Atriztán Hernández, Coordinadora del Laboratorio de Servicios Genómicos 

Preguntas Frecuentes

Para mayores informes, favor de comunicarse con: 

Dra. Karina Atriztán Hernández (karina.atriztan@cinvestav.mx) 

Importante: Solo si su pregunta no está en el enlace de preguntas frecuentes, escribir al correo mencionado, poniendo como asunto del correo: Pregunta_Taller16S 

Descargar convocatoria aquí