A principios de 1983 se propuso la creación del Departamento de Computación en el Cinvestav y se formó una Sección de Computación dentro del Departamento de Ingeniería Eléctrica que se puede dividir en cuatro etapas:

Inicio de operaciones (1983-1987), se realizan proyectos importantes con el Instituto Mexicano de Comunicaciones de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes, con la UNESCO y con la Gerencia de Telecomunicaciones de PEMEX, entre otros.

Primeros egresados (1988-1992): se gradúan unos 50 estudiantes de maestría y los 2 primeros estudiantes de doctorado.

Consolidación (1993-1999): se establecen vinculaciones importantes con instituciones del gobierno y con instituciones de investigación internacionales a través de la recepción de estudiantes en estancias académicas; en este periodo se inició la internacionalización de los programas de maestría y doctorado con la recepción de solicitudes y aceptación de estudiantes extranjeros.     

Crecimiento: (2000-2006): la planta de investigadores experimentó un incremento importante.

En 2005 los indicadores de la Sección de Computación se mostraban bastante sólidos, exponiendo que se había alcanzado un periodo de estabilidad en su productividad, esto motivó a un grupo de investigadores a redactar un plan para el establecimiento de sus propios programas de maestría y doctorado, independientes de los del Departamento de Ingeniería Eléctrica.

Ese documento fue sometido al Consejo Académico Consultivo (CAC) del Cinvestav en 2005 y después de estudiar la propuesta recomendó, en 2006, que se autorizara la creación de ambos programas; posteriormente, la Dirección General y la Junta Directiva del Cinvestav ratificaron la decisión.

En 2006 también se propuso la creación del Departamento de Computación y fue enviada al CAC, que autorizó la instauración del nuevo departamento, la decisión fue ratificada por la Dirección General y la Junta Directiva del CINVESTAV. En agosto de 2006, se hizo realidad la existencia del Departamento de Computación y de sus dos programas académicos (maestría y doctorado) propios.