El Departamento de Control Automático inició sus actividades el 19 de septiembre de 1999, tras casi tres décadas de formar parte del Departamento de Ingeniería Eléctrica como la Sección de Control Automático. 

Su creación obedeció, entre otros aspectos, al tamaño de su planta académica, a la consolidación de sus líneas de investigación y al crecimiento de la matrícula de sus programas de maestría y doctorado. 

El Departamento cuenta actualmente con 17 investigadoras e investigadores quienes, en conjunto, han graduado a más de 230 estudiantes de maestría y 170 de doctorado. Algunos de los egresados trabajan en instituciones de prestigio del país, como CITEDI-IPN, ESIME-IPN, UPIITA-IPN, Universidad Anáhuac, Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica, Centro de Investigación en Matemáticas, Universidad de Guanajuato, Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo, Tecnológico Nacional de México, Centro de Investigaciones en Óptica, entre otras.

Otros egresados realizan sus actividades de investigación en instituciones extranjeras en Japón, Reino Unido y Francia. Es importante resaltar que existen egresados que han colaborado en la creación de posgrados que pertenecen al Sistema Nacional de Posgrados de Conahcyt, como es el caso de algunos ofrecidos en la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo. Además, otra parte de nuestros graduados laboran actualmente en el sector productivo.

Las líneas de investigación cultivadas en el departamento son: Teoría Matemática del Control Automático, Técnicas de Control y sus Aplicaciones, Robótica y Visión artificial, Inteligencia Artificial y su aplicación al Control Automático y Matemáticas Avanzadas.