Los orígenes del Departamento de Matemática Educativa se remontan a principios de los años 70 cuando Carlos Imaz y otros matemáticos, entre ellos Eugenio Filloy, Juan José Rivaud y Luis Gorostiza, presentaron formalmente un proyecto sobre una nueva disciplina, la Matemática Educativa, a Guillermo Massieu Helguera, entonces Director General del Cinvestav.
En 1975, la Secretaría de Educación Pública asignó presupuesto para la creación de la Sección de Matemática Educativa (SME), adscrita al Departamento de Investigaciones Educativas del Cinvestav, con dos proyectos iniciales: el libro de texto oficial para el primer año de secundaria y el diseño de la Maestría en Ciencias, especialidad Matemática Educativa, que se ofreció por primera vez en septiembre de 1975.
Finalmente, en 1993, dieciocho años después de su creación, la SME fue reconocida como el Departamento de Matemática Educativa.