Cinvestav Sede Sur fue inaugurada a principios del nuevo milenio, recibiendo su nombre a partir de su ubicación: al sur de la Ciudad de México.

Sede Sur nace a partir del antiguo Departamento de Farmacología y Toxicología del Cinvestav, y su ubicación estratégica permite la cercanía con siete de los diez Institutos Nacionales de Salud, así como a Ciudad Universitaria de la UNAM y al campus Xochimilco de la UAM, lo cual contribuye a fortalecer la colaboración con especialistas en diversas áreas de la salud de estas instituciones.

Actualmente, la Sede Sur cuenta con dos Departamentos: El Departamento de Farmacobiología y el Departamento de Investigaciones Educativas (DIE). En total tiene 27 investigadoras, 12 investigadores y más de 100 personas que conforman el estudiantado en alguno de sus cuatro programas de posgrado, todos registrados en el Sistema Nacional de Posgrados del Conacyt. Varias de las y los profesores de esta Sede han recibido una de las distinciones más altas que ofrece el país, el Premio Nacional de Ciencias. Casi la totalidad de las y los profesores pertenecen al SNI, y el 63% se encuentra en el nivel III e, incluso, algunos son reconocidos como Investigadores Nacionales Eméritos.​

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