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Esta sede fue inaugurada a principios del nuevo milenio, recibiendo su nombre a partir de su ubicación: al sur de la Ciudad de México.

Nace a partir del antiguo Departamento de Farmacología y Toxicología del Cinvestav.

Actualmente, la Sede Sur cuenta con dos departamentos: el Departamento de Farmacobiología y el Departamento de Investigaciones Educativas (DIE).

Además del Centro de Investigación sobre el Envejecimiento (CIE).